什么是序列比對?
序列比對(Sequence Alignment)是通過在序列中搜索--系列單個性狀或性狀模式來比較2個(雙序列比對)或更多( 多重序列比對)序列的方法
按比對序列條數(shù)分類
雙序列比對:兩條序列的比對
多序列比對:三條或以上序列的比對
我們?yōu)槭裁搓P(guān)注序列比對?
1.相似的序列可能具有相似的功能與結(jié)構(gòu)
2.發(fā)現(xiàn)一個基因或蛋白哪些區(qū)域容易發(fā)生突變，哪些位點突變后對功能沒有影響
3.發(fā)現(xiàn)生物進(jìn)化方面的信息
空位罰分(Gap Penalties)
空位為了獲得兩個序列最佳比對，必須使用空位和空位罰分
空位罰分分類:
空位開放罰分(Gap opening penalty)
空位擴(kuò)展罰分(Gap extension penalty)
最優(yōu)的序列比對通常具有以下兩下特征:
盡可能多的匹配
盡可能少的空位
插入任意多的空位會產(chǎn)生較高的分?jǐn)?shù)，但找到的并不一定是真正相似序列
空位罰分公式
Wx=g+r(x-1)
Wx:空位總計分
g: 空位開放罰分（Gap Opening Penalty）
r: 空位擴(kuò)展罰分（Gap Extension Penalty）
x: 空位長度
例1
默認(rèn)gap開頭罰分高，gap延長罰分低，這樣得出的結(jié)果gap很集中，有很多長串出現(xiàn)的gap，這可以比對兩條很相似的序列–同源序列；相反，如果gap開頭罰分少，gap延長罰分高，比對結(jié)果gap就比較分散，極少出現(xiàn)連續(xù)長串的gap（可以想象其中的原因，總是要保證得分高），這可以比對兩條絕大部分序列都很相似，但其中一條的一個功能區(qū)在另一條序列中是缺失的兩條序列，可以找出這個功能區(qū)。
