隨著CFVisual的發(fā)表，作者前段時間抽了兩天時間又將CFVisual做了一次升級。一直想寫個推文，但是沒有時間，忙啊。今天寫，實(shí)屬近幾天迷茫了，總想做點(diǎn)什么，但勁頭不夠。本著不想浪費(fèi)時間的心態(tài)，今日就寫一下CFVisual的小推文。說實(shí)話，對于筆者而言，用戶體驗(yàn)更好，基因結(jié)構(gòu)圖（內(nèi)含子-外顯子圖）的表示形狀更豐富，所能提供的基因結(jié)構(gòu)元件的信息更多等等。。。

① Step 1

準(zhǔn)備四個文件：newick格式樹文件，基因結(jié)構(gòu)文件，MEME結(jié)果文件，結(jié)構(gòu)域結(jié)構(gòu)文件（圖1）。

圖1

② Step 2

還想結(jié)合一些其他信息，比如信號肽等域的可視化（圖2、3和4）。

圖2

圖3

圖4

③Step 3

點(diǎn)擊Start按鈕，得到默認(rèn)出圖（圖5）。

圖5

④Step 4

要想得到最終能放到論文的圖，樹圖一般要進(jìn)行分類上色等處理（圖6）。并根據(jù)自我喜好，對motif（圖7）、gene structure（圖8）、domain和singal_peptide等圖元做一些格式變化和美化。

圖6

圖7

圖8

為了方便寫論文時描述外顯子-內(nèi)含子的長度和數(shù)量等信息，點(diǎn)擊Statistics按鈕（圖8），即可彈出用戶需要的信息啦（圖9）——這是CFVisual的特色之一，作者最想復(fù)現(xiàn)的是GSDS的圖（當(dāng)然也是以最好的基因結(jié)構(gòu)可視化工具GSDS為標(biāo)桿啦——http://gsds.gao-lab.org/index.php），這個特色是GSDS沒有的，嘿嘿，當(dāng)然作者知道GSDS現(xiàn)在將來都應(yīng)該是最好的基因結(jié)構(gòu)可視化工具——說真的，網(wǎng)站其實(shí)還是有著比桌面應(yīng)用不可比擬的優(yōu)勢：用戶免安裝，無系統(tǒng)顧慮，隨時隨地，有文件，有網(wǎng)絡(luò)即可出圖，這也是網(wǎng)站比桌面應(yīng)用的巨大優(yōu)勢之一（雖然有網(wǎng)絡(luò)掛機(jī)等問題，但這都不是事，說真的）！

圖9

⑤Step 5

設(shè)置到各項(xiàng)參數(shù)之后，就點(diǎn)擊Redraw，重新繪制即可（圖10）。

圖10

不滿意啊，那就再改。。。（圖11和12）

圖11

圖12

⑥Step 6

保存圖片，放到論文中即可（圖13）。

圖13

哎呀，筆者還想改然后再保存。后悔了。。。（圖14和15）

圖14

圖15

放置論文中的圖（圖16）。

圖16

最后：如果有如何準(zhǔn)備文件啥的更詳細(xì)的疑問，參考筆者最初推廣CFVisual寫的簡述推文：http://www.itdecent.cn/p/97cb7c667d62 （CFVisual繪制Motif+基因結(jié)構(gòu)+結(jié)構(gòu)域+進(jìn)化樹+啟動子圖的單獨(dú)或組合圖）。本期主要是詳細(xì)介紹了各個重要參數(shù)的使用和講解。