主要參考 祝讓飛 的文章及 Tufts 網(wǎng)站中的信息，特此致謝。
首先放一張測序示意圖，在DNA片段兩端所加的序列即接頭序列，也就是我們今天要講述的主角。
1 基本概念
1.1 adapter
接頭，為一段已知的短核苷酸序列，用于鏈接未知的目標(biāo)測序片段
1.2 index或barcode
幾個(gè)堿基組成的寡核苷酸鏈，用于在混合測序時(shí)，區(qū)分不同樣本
1.3 insert
待測序的目標(biāo)序列，位于兩個(gè)adapter之間
測序片段包括幾個(gè)部分：universal_adapter-insert-indexed_adapter。
測序由5'端開始，最開始的幾個(gè)堿基無法測得，第一個(gè)adapter在數(shù)據(jù)輸出時(shí)去除，由于測序讀長的限制，第二個(gè)adapter通常測不到。
但是如果插入片段本身較短，測序會測穿，即會得到 insert-部分adapter 這樣的read，這里的adapter便是我們常常提到的需要去除的接頭部分。
2 序列信息
2.1 接頭序列（示例）
universal adapter:
5’-AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-3’
indexed adapter:
5’-GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCAC(barcode)ATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG-3’
仔細(xì)看上面這對接頭序列，universal adapter的3'末端的T與待測片段新增的A配對，那么剩余序列的反向互補(bǔ)鏈為
GATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGTAGATCTCGGTGGTCGCCGTATCATT
與 indexed adapter 的前面12個(gè)堿基一致
GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCAC，即兩段接頭序列部分互補(bǔ)，形成Y型的結(jié)構(gòu)。
2.2 index序列
可根據(jù)fastq序列中的信息獲取
@HWI-ST1276:71:C1162ACXX:1:1101:1208:2458 1:N:0:CGATGT
fastq的格式信息不再贅述，第一行最末的 CGATGT 即本次測序所使用的index。
3 去接頭的軟件
常見的相關(guān)軟件包括 Trimmomatic、cutadapt、fastx_toolkit、fastp 等。
關(guān)于Trimmomatic的使用，可以參見wangpeng905的文章，介紹很全面。
