單細胞系列已經(jīng)說了很多關(guān)于基因可視化的方法了。

單細胞基因可視化之小提琴圖

單細胞基因個性化作圖之氣泡圖

單細胞基因可視化之熱圖改造修飾1

單細胞基因可視化之熱圖的根本改造2

單細胞基因可視化之UMAP圖修飾

這里對于可視化進行一點補充。

1、密度圖

Nebulosa是一個基于核密度估計的R軟件包，用于可視化單個細胞的數(shù)據(jù)。做密度圖可視化的一個重要的作用是，可以篩選鑒定某些基因雙陽的細胞群?？梢钥吹?，我們能夠看到CD4陽性的細胞、CD8陽性的細胞，還能顯示雙陽的細胞在哪，可以說是對seurat的一個拓展，還是比較實用的。

#安裝包
BiocManager::install("Nebulosa")
#加載R包
library(Nebulosa)

plot_density(immune, "CD4")
plot_density(scedata, c("CD4","CD8A"),joint = TRUE)

圖片

2、等高線圖

這個圖本身并沒有啥太大的意義，完全是之前有人問我見到文章中有這個圖如何做，只需要加等高線即可。

color <- c('lightgrey', 'blue','seagreen2')
FeaturePlot(scedata, features = "LUM", cols = color,
            pt.size = 1.5)+
  stat_density_2d(mapping=aes(x=UMAP_1, y=UMAP_2),
                  linemitre = 20)

圖片

至此，我覺得對于單細胞基因可視化的方式已經(jīng)是很全面了，按照自己的風格和需要進行作圖，應該是很完美了。