通過conda安裝getorganelle :

conda install -c bioconda getorganelle

下載葉綠體參考基因組文件 :

 get_organelle_config.py --add embplant_pt,embplant_mt

輸入spades.py –version指令查看是否存在組裝軟件，若沒有顯示如SPAdes v3.13.1的版本號，則應該下載spades軟件，否則只能質控無法組裝，提示權限不夠應在用戶主目錄下運行如下代碼
創(chuàng)建一個新的 Conda 環(huán)境

conda create -n spades_env

激活新創(chuàng)建的環(huán)境

conda activate spades_env

安裝 SPAdes

conda install -c bioconda spades

檢查 SPAdes 版本
spades.py --version
運行GetOrganelle

get_organelle_from_reads.py -1 ERR5033380_1.fastq.gz -2 ERR5033380_2.fastq.gz -t 20 -o ERR5033380 -F embplant_pt -R 10

雙端組合有兩個fq文件，-1為其中一端，-2為另外一端，-u為一端
-o為輸出文件夾的名字
生成文件中：embplant_pt.K85.complete(scaffolds).graph1.1.path_sequence.fasta和embplant_pt.K85.complete(scaffolds).graph1.2.path_sequence.fasta即為做得到的葉綠體基因組，其中K85表示選擇的kmer為85，complete表明組裝得到環(huán)狀基因組，scaffolds或Contigs表示不止一條序列（未拼接成環(huán)）