Top 植物種的snoRNA基因數(shù)據(jù)庫。
http://bioinf.scri.sari.ac.uk/cgi-bin/plant_snorna/home
PlantCARE是一個(gè)關(guān)于植物順式調(diào)控元件、增強(qiáng)子和抑制子的數(shù)據(jù)庫，很多數(shù)據(jù)來源于文獻(xiàn)搜索，對這些元件進(jìn)行了坐標(biāo)定位和序列描述，還有相關(guān)的一些生物學(xué)信息。
http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/
多種不同植物的抗脅迫基因數(shù)據(jù)庫。
http://dayhoff.generationcp.org
GABI初級數(shù)據(jù)庫始建于2000年，作為德國植物基因組計(jì)劃的中心數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫包含的信息特別多，從序列的各個(gè)部分，到實(shí)驗(yàn)獲得的一些蛋白2-D膠圖，以及基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)、代謝途徑等都具有，因此是一個(gè)生物信息翔實(shí)的數(shù)據(jù)庫。
http://gabi.rzpd.de
一個(gè)植物的預(yù)測的分子標(biāo)記的數(shù)據(jù)庫。
http://markers.btk.fi
植物啟動子序列數(shù)據(jù)庫。
http://mendel.cs.rhul.ac.uk/mendel.php?topic=plantprom
農(nóng)作物當(dāng)中的生化途徑及酶。
http://metacrop.ipk-gatersleben.de
POGs/PlantRBP 是一個(gè)關(guān)系型數(shù)據(jù)庫，整合了擬南芥、水稻、玉米的可以得到的基因組、蛋白組及序列數(shù)據(jù)，生成一個(gè)假定的同源基因組(POGs)，基因注釋的重點(diǎn)在于對那些 預(yù)測的RNA結(jié)合蛋白(RBPs)。除了上述之外，同時(shí)也對這些蛋白的一些保守結(jié)構(gòu)域提供查找功能。
http://plantrbp.uoregon.edu
TIGR的植物轉(zhuǎn)錄本(TA)集合數(shù)據(jù)庫收集了來自于NCBI的GenBank Nucleotide數(shù)據(jù)庫的試驗(yàn)驗(yàn)證的EST、全長cDNA數(shù)據(jù)，包括目前所有已有相關(guān)信息的植物的信息，可以通過序列的BLAST、物種等方式查找數(shù)據(jù)，并且可以自由下載這些數(shù)據(jù)。
http://plantta.tigr.org
植物器官研究的植物器官圖片和協(xié)議數(shù)據(jù)庫。
http://podb.nibb.ac.jp/Organellome
植物啟動子數(shù)據(jù)庫。
http://ppdb.gene.nagoya-u.ac.jp
TropGENE DB是一個(gè)管理熱帶作物的遺傳和基因組信息的數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫將作物按數(shù)個(gè)模式作物歸類，目前在線公布的模式作物有香蕉、可可、椰子、棉花、油椰子、水稻 和甘蔗。其他模式作物正有待開發(fā)。每個(gè)模式作物都包括遺傳來源信息（如形態(tài)學(xué)、起源、等位基因數(shù)據(jù)），分子標(biāo)記信息，遺傳圖譜，長序列多態(tài)性（QTL）分 析結(jié)果，測序圖譜，序列、基因及相應(yīng)的參考文獻(xiàn)。允許進(jìn)行快速查詢及復(fù)雜查詢。
小麥、大麥、黑麥、三系雜交麥和燕麥的分子和表型信息數(shù)據(jù)庫。
http://wheat.pw.usda.gov
BarleyBase 是一個(gè)在線的植物微陣列數(shù)據(jù)及分析平臺的數(shù)據(jù)庫，目前收集了超過1000份的來自于Affymetrix Barley1 GeneChip的原始或者規(guī)范化后的芯片數(shù)據(jù)，同時(shí)提供基因的功能注釋，蛋白功能區(qū)域預(yù)測、代謝途徑及基因家族信息。還與PLEXdb 和PlantGDB的信息有相關(guān)聯(lián)接。
http://www.barleybase.org/
蘋果，櫻桃，梨，桃，懸鉤子，玫瑰和草莓的基因組數(shù)據(jù)庫。
http://www.bioinfo.wsu.edu/gdr/
植物細(xì)胞的信號轉(zhuǎn)導(dǎo)分析數(shù)據(jù)庫。
http://www.drastic.org.uk
植物基因組中心提供了大規(guī)模測序計(jì)劃、遺傳圖譜和大規(guī)模ESTs測序的數(shù)據(jù)，所有物種的分類都超鏈接到NCBI的分類數(shù)據(jù)庫。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/PLANTS/PlantList.html
PathoPlant 是一個(gè)涉及植物與病原體之間相互作用的信號轉(zhuǎn)導(dǎo)的相關(guān)物質(zhì)成分的數(shù)據(jù)庫，包括一系列已知的信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路的基因序列，最近還增加了相關(guān)的擬南芥的基因芯片數(shù)據(jù)，以及用于查找相應(yīng)刺激所涉及的基因的工具。
http://www.pathoplant.de
Phytome 是一個(gè)比較基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫，設(shè)計(jì)用于植物功能基因組學(xué)、分子育種和進(jìn)化研究。其包括預(yù)測的蛋白序列數(shù)據(jù)、蛋白家族分類數(shù)據(jù)，多序列比對數(shù)據(jù)、進(jìn)化史，及源 于一個(gè)大的、系統(tǒng)發(fā)生的多樣性植物索引的蛋白注釋。Phytome通過來自不同物種的蛋白序列的直系同源或者旁系同源的進(jìn)化史，將全異的各類植物基因數(shù)據(jù) 庫整合成一個(gè)可以交互查找的數(shù)據(jù)平臺。該庫允許復(fù)雜的查詢，進(jìn)行基因/蛋白家族的查詢及下載。
PlantGDB是一個(gè)植物基因組序列數(shù)據(jù)庫，主要是ESTs數(shù)據(jù)。還有對于這些數(shù)據(jù)的基因注釋，EST的基因組定位以及與其它數(shù)據(jù)庫的鏈接。滿足通常的數(shù)據(jù)查找功能。
AtGDB是一個(gè)正在開發(fā)中的植物基因組數(shù)據(jù)庫和分析工具集，該資源庫的目的是方便以序列為中心的擬南芥數(shù)據(jù)的瀏覽，可以分區(qū)段地瀏覽感興趣的基因，看其結(jié)構(gòu)及基因注釋，并可與cDNA和EST進(jìn)行比對。也可以將數(shù)據(jù)全部下載本地化。
Plant Ontology(PO)數(shù)據(jù)庫由數(shù)個(gè)植物數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)和植物分類學(xué)、植物學(xué)和遺傳學(xué)專家協(xié)作開發(fā)的，目的是建立一個(gè)基礎(chǔ)的功能強(qiáng)大的植物學(xué)數(shù)據(jù)庫，包括整 合形態(tài)學(xué)、解剖學(xué)上的一些信息。目前該庫有超過5000個(gè)來自于擬南芥、玉米、水稻的基因注釋可供搜索。在同一個(gè)瀏覽界面下，用戶可以搜索植物的器官結(jié) 構(gòu)、不同發(fā)育時(shí)期的信息。所有信息可以自由下載。
http://www.plantontology.org
TOP 葉綠體基因組數(shù)據(jù)庫。
http://chloroplast.cbio.psu.edu/
Top 該數(shù)據(jù)庫主要收集了楊樹的泛素化蛋白，加上預(yù)測的共計(jì)1027個(gè)基因。
http://bioinformatics.cau.edu.cn/DPUPS/
EasyGO數(shù)據(jù)庫用于提供一系列待查基因的功能注釋，以及微陣列探針信息，目前包括來自15個(gè)物種（主要是植物）的40多個(gè)數(shù)據(jù)類型的數(shù)據(jù)。被廣泛使用。
http://bioinformatics.cau.edu.cn/easygo/
DPTF:北京大學(xué)楊樹轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫。
http://dptf.cbi.pku.edu.cn/
中國國內(nèi)多家單位完成的關(guān)于水稻的cDNA微陣列試驗(yàn)結(jié)果數(shù)據(jù)庫。
http://plantbiol.genetics.ac.cn/
PLANTTFDB:植物轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫。
http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/
植物轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫。
http://plntfdb.bio.uni-potsdam.de/v2.0/
大豆蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫。
http://proteome.dc.affrc.go.jp/cgi-bin/2d/2d.cgi
水稻玉米小RNA數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫包含了miRNA,siRNA，ta-siRNA的信息。
http://sundarlab.ucdavis.edu/smrnas/
預(yù)測的植物蛋白簇?cái)?shù)據(jù)庫。
http://urgi.versailles.inra.fr/phytoprot/
PLACE:植物順式調(diào)控DNA元件數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫含有380個(gè)在植物中發(fā)現(xiàn)的完整的cis活性調(diào)控因子。
http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/
(NCPGR)地域植物基因研究中心。
http://www.ncpgr.cn/
植物線粒體蛋白運(yùn)輸機(jī)制。
http://www.plantenergy.uwa.edu.au/applications/mpimp/index.html
PLEXdb是一個(gè)統(tǒng)一的公共的植物和其病原體的基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫，用于將迅速擴(kuò)展的基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)和傳統(tǒng)的基因組結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)和表型數(shù)據(jù)聯(lián)結(jié)整合起來。并開發(fā)出相應(yīng)的整合軟件方便研究人員針對大規(guī)模表達(dá)譜數(shù)據(jù)的功能基因組學(xué)研究。
http://www.plexdb.org
PlantQTL-GE是一個(gè)專為數(shù)量性狀研究建立的一個(gè)數(shù)據(jù)庫，它主要收集了水稻、擬南芥等植物的芯片數(shù)據(jù)及表達(dá)譜數(shù)據(jù)和基因組標(biāo)志序列。同時(shí)也提供基于已知信息基因注釋及順式調(diào)控元件注釋。
http://www.scbit.org/qtl2gene/new/
TOP 目前該數(shù)據(jù)庫收集了大麥、短柄草屬、柑橘、咖啡、豇豆、大豆、水稻、小麥等作物的表達(dá)譜數(shù)據(jù)，及相關(guān)的一些分子信息（Barley, Brachypodium, Citrus, Coffea, Cowpea, Soybean, Rice, Wheat）。
Gramene Database是一個(gè)各種作物基因組信息的數(shù)據(jù)庫，同時(shí)具備高級的各基因組間的分析功能。
http://www.gramene.org/
UK CROPNET:英國農(nóng)作物生物信息學(xué)網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫。擁有很多其自己開發(fā)的數(shù)據(jù)庫和分析軟件，同時(shí)也收集相關(guān)的一些文獻(xiàn)和美國該領(lǐng)域的一些信息。1996
http://ukcrop.net/
TOP GrainGenes是美國農(nóng)業(yè)部和地域農(nóng)業(yè)圖書館的植物基因組計(jì)劃支持的麥燕麥和甘蔗遺傳數(shù)據(jù)庫
http://ars-genome.cornell.edu/rice/
韓國水稻基因組數(shù)據(jù)庫。
http://bioserver.myongji.ac.kr/ricemac.html
KOME:水稻的生物分子數(shù)據(jù)庫
http://cdna01.dna.affrc.go.jp/cDNA/
水稻數(shù)據(jù)庫的統(tǒng)一化工具數(shù)據(jù)庫。
http://cdna01.dna.affrc.go.jp/PIPE
水稻轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫包括了來自水稻品種indica和japonica中所有已知的和可能存在的轉(zhuǎn)錄因子信息。
http://drtf.cbi.pku.edu.cn/
Rice水稻基因組注釋數(shù)據(jù)庫
http://gbrowse.ncpgr.cn/cgi-bin/gbrowse/japonica/
水稻蛋白組學(xué)數(shù)據(jù)庫。
http://gene64.dna.affrc.go.jp/RPD/
RAD: 水稻基因組注釋數(shù)據(jù)庫。
http://golgi.gs.dna.affrc.go.jp/SY-1102/rad/
INE: 水稻基因組整合數(shù)據(jù)瀏覽器。
http://ine.dna.affrc.go.jp/giot/
MOsDB: The MIPS Oryza sativa database，水稻基因組數(shù)據(jù)庫，包括序列數(shù)據(jù)，未來將把突變體信息、表達(dá)譜信息整合起來。
http://mips.gsf.de/proj/plant/jsf/rice/index.jsp
水稻 http://mpss.udel.edu/rice/ 美國
Rice MPSS database水稻大規(guī)模平行測序數(shù)據(jù)庫。
OryGenesDB:一個(gè)用于水稻反向遺傳學(xué)研究的交互式工具；有水稻基因T-DNA以及Ds側(cè)冀序列標(biāo)簽數(shù)據(jù)庫，基因注釋。
http://orygenesdb.cirad.fr/
RAP-DB: 水稻注釋計(jì)劃數(shù)據(jù)庫。
http://rapdb.dna.affrc.go.jp/
RED: 水稻表達(dá)譜數(shù)據(jù)庫。
http://red.dna.affrc.go.jp/RED/
REDB: 水稻EST數(shù)據(jù)庫。
http://redb.ncpgr.cn/
水稻的基因組數(shù)據(jù)庫（INE）整合了目前大規(guī)模測序后獲得的關(guān)于水稻的基因組信息、cDNA 信息，遺傳圖譜、物理圖譜的信息，并隨著水稻測序的進(jìn)行，持續(xù)增加新的信息。
http://rgp.dna.affrc.go.jp/giot/INE.html
RISE: 水稻信息系統(tǒng)，包括水稻基因組的最新綜合信息以及與其他谷類作物的比較基因組分析數(shù)據(jù)。
http://rice.big.ac.cn/rice/index2.jsp
整合了最新的數(shù)據(jù)以及比較基因組學(xué)分析數(shù)據(jù)。為了綜合分析水稻的兩大亞種，japonica 和indica，BGI-RIS除了包括自己測序的indica序列數(shù)據(jù)外，同時(shí)也收集了japonica及其他已知的谷類作物的基因組和EST數(shù)據(jù)。 BGI-RIS對兩亞種間的相關(guān)基因、重復(fù)元件、基因重復(fù)、SNP都進(jìn)行了注釋。
http://rice.genomics.org.cn/
水稻基因組注釋計(jì)劃。
http://rice.plantbiology.msu.edu/
RiceFOX:水稻過表達(dá)擬南芥全長cDNA突變體數(shù)據(jù)庫。
http://ricefox.psc.riken.jp/index.php?contetnstop
Rice GAAS:水稻基因組信息自動注釋系統(tǒng)。
http://ricegaas.dna.affrc.go.jp/
水稻蛋白激酶數(shù)據(jù)庫。
http://rkd.ucdavis.edu/
RMD: 水稻突變體數(shù)據(jù)庫
http://rmd.ncpgr.cn/
RMG:水稻線粒體基因組信息數(shù)據(jù)庫。
http://rmg.rice.dna.affrc.go.jp/
RiceGE: Rice Functional Genomic Express Database 水稻功能基因組表達(dá)數(shù)據(jù)庫。
http://signal.salk.edu/cgi-bin/RiceGE
RPSD: 水稻蛋白結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫。
http://structure.rice.dna.affrc.go.jp/
BGF是一個(gè)水稻基因組的基因預(yù)測工具 。
http://tlife.fudan.edu.cn/bgf/
Rice Tos17 Insertion Mutant Database 水稻逆轉(zhuǎn)座子Tos17插入突變數(shù)據(jù)庫。
http://tos.nias.affrc.go.jp/
水稻T-DNA插入突變數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫包括了側(cè)冀突變標(biāo)簽的分析的那個(gè)信息來做反向遺傳學(xué)的研究。
http://urgi.versailles.inra.fr/OryzaTagLine/
水稻胚質(zhì)基因型數(shù)據(jù)庫，以及水稻功能基因組和蛋白組。
http://www.iris.irri.org/
我國水稻基因組計(jì)劃針對水稻的秈稻亞種。
http://www.ncgr.ac.cn/
WILD RICE DATABASE野生稻數(shù)據(jù)庫。
http://www.pgcdna.co.jp/cgi-bin/wrdb/content.cgi
Plant中國地域基因組會議，包含有很多農(nóng)學(xué)的生物信息學(xué)課題。
http://www.plantgenomics.cn/
RetrOryza 是一個(gè)提供水稻的LTR-Retrotransposons的數(shù)據(jù)庫，提供了目前已經(jīng)進(jìn)行過功能注釋的242個(gè)家族的反轉(zhuǎn)位子的信息，包括Primer Binding Site，PolyPurine Tract，Target Site Duplication等信息。
關(guān)于世界范圍的水稻生產(chǎn)和市場等情況。
http://www.riceweb.org/
水稻科學(xué)整合數(shù)據(jù)庫
http://www.shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/top/top.jsp
水稻遺傳學(xué)和基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫涵蓋了從水稻的傳統(tǒng)的遺傳學(xué)信息到最新遺傳研究方面的進(jìn)展，還包括一些熱門研究方面的課題。
http://www.shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/top/top.jsp
INE水稻基因數(shù)據(jù)庫。
http://www.staff.or.jp/giot/INE.html
美國TIGR研究所維護(hù)著幾個(gè)與水稻基因組有關(guān)的數(shù)據(jù)庫，包括基因組注釋庫重復(fù)序列庫，以及基因索引。
http://www.tigr.org/tdb/rice/
cottonDB美國南方平原農(nóng)業(yè)研究中心所維護(hù)的棉花數(shù)據(jù)庫
http://algodon.tamu.edu/
CottonDB是一個(gè)包含有棉花基因組學(xué)、遺傳學(xué)和分類學(xué)數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)庫，同時(shí)它也是一個(gè)不斷增加新數(shù)據(jù)和棉花研究者資料的數(shù)據(jù)庫。
http://cottondb.org/
棉花標(biāo)記數(shù)據(jù)庫，由多家科研團(tuán)體協(xié)作完成，包含有大量的已公布的序列標(biāo)記數(shù)據(jù)。
http://www.cottonmarker.org/
Top 歐洲大麥數(shù)據(jù)庫（EBDB）收集的信息主要來源于ECP/GR Working Group對于大麥的研究數(shù)據(jù)，由德國Gatersleben的IPK植物基因組和作物研究所維護(hù)。
http://barley.ipk-gatersleben.de/ebdb.php3
該在線數(shù)據(jù)庫包括在SCRI開展的通過交叉測序的方法挖掘到小麥和大麥的基因的SNPs的信息，目前由SCRI植物生物信息學(xué)組維護(hù)。
http://bioinf.scri.ac.uk/barley_snpdb/index.html
該數(shù)據(jù)庫中包含由日本岡山大學(xué)生物資源研究中心收集的大麥種質(zhì)資源和基因組分析數(shù)據(jù)。
http://www.shigen.nig.ac.jp/barley/
Top 大麥，小麥，豆類番茄EST數(shù)據(jù)庫
http://pgrc.ipk-gatersleben.de/cr-est/
UK CropNet該數(shù)據(jù)庫主要提供了各類有關(guān)農(nóng)作物的基因數(shù)據(jù)，包括Arabidopsis thaliana、Barley、Brassica spp.、Forage Grasses、Millet and tef、Alfalfa、Chlamydomonas、Dictyostelium等18個(gè)物種基因數(shù)據(jù)庫。
http://synteny.nott.ac.uk/
谷類作物信息數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫包括了小麥，大麥，燕麥黑麥和黑小麥等品種的遺傳信息和遺傳圖譜。
http://wheat.pw.usda.gov/GG2/index.shtml
由捷克共和國的作物種植研究所維護(hù)的小麥數(shù)據(jù)庫。
http://www.ecpgr.cgiar.org/databases/crops/wheat.htm
日本小麥網(wǎng)，由６所大學(xué)和研究所聯(lián)合維護(hù)
http://www.shigen.nig.ac.jp/wheat/top.html
由TIGR institute維護(hù)的小麥基因組數(shù)據(jù)，提供小麥的基因組及基因注釋，并且可用于基因組注釋等分析。同時(shí)，還提供其他谷類作物的同源基因數(shù)據(jù)，如玉米、大麥、高粱、水稻等。
http://www.tigr.org/tdb/e2k1/tae1/
TOP 水稻擬南芥比較基因組數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫提供了一個(gè)水稻與擬南芥對比分析的平臺。
http://greenphyl.cirad.fr/cgi-bin/greenphyl.cgi
諾丁漢擬南芥保存中心芯片數(shù)據(jù)庫。
http://affymetrix.arabidopsis.info
擬南芥小RNA工程。
http://asrp.cgrb.oregonstate.edu/
擬南芥蛋白相互作用數(shù)據(jù)庫。
http://atpid.biosino.org/
擬 南芥轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫（DATF）收集了所有的擬南芥轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)（總共1922個(gè)位點(diǎn)，2290個(gè)基因），劃分為64個(gè)家族。該數(shù)據(jù)庫序列是基于TAIR 數(shù)據(jù)庫(20051108)，可以采用多種方式查詢數(shù)據(jù)。除此之外，另外添加了每個(gè)家族的DNA結(jié)合區(qū)域的多序列比對數(shù)據(jù)、進(jìn)化樹，另有GO注釋，并與水 稻轉(zhuǎn)錄因子作了同源比對。最后還增加了PDB數(shù)據(jù)的一些數(shù)據(jù)，以做核酸結(jié)合位點(diǎn)的定位。
http://datf.cbi.pku.edu.cn
MIPS的擬南芥數(shù)據(jù)庫。
http://mips.gsf.de/proj/thal/db
擬南芥大規(guī)模平行測序信號的基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫。
http://mpss.udel.edu/at/
擬南芥cDNA、突變體和微陣列數(shù)據(jù)庫。
http://rarge.gsc.riken.jp/
擬南芥轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫，擬南芥轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫整合了所有轉(zhuǎn)錄因子實(shí)驗(yàn)所獲得的數(shù)據(jù)信息。
http://urgv.evry.inra.fr/CATdb
擬南芥功能基因組數(shù)據(jù)庫。
http://urgv.evry.inra.fr/projects/FLAGdb /HTML/index.shtml
擬南芥基因組數(shù)據(jù)庫。
http://www.arabidopsis.org/
擬南芥的全基因組范圍的假定的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫。
http://www.athamap.de/
擬南芥基因序列標(biāo)簽數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫涵蓋了擬南芥中大部分的基因信息。
http://www.catma.org/
T- DNA插入突變體在擬南芥的研究當(dāng)中，具有十分重要的作用，GABI-Kat SimpleSearch是一個(gè)由GABI-Kat工程所建的擬南芥的基于側(cè)翼序列標(biāo)簽（FST）的T-DNA插入突變體查找?guī)?，目前該庫有?4000 lines中超過108,000定位的FSTs，這些lines覆蓋了64%的目前已有注釋的基因。該庫允許常規(guī)的一些基因搜索，并與突變體系連接在一 塊。同時(shí)，該庫還提供引物等信息。
http://www.GABI-Kat.de
擬南芥蛋白磷酸化位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫。
http://www.plantenergy.uwa.edu.au/applications/phosphat/index.html
擬南芥質(zhì)體蛋白數(shù)據(jù)庫。
http://www.plprot.ethz.ch/
擬南芥發(fā)育關(guān)鍵基因數(shù)據(jù)庫。
http://www.seedgenes.org/
SUBA（Arabidopsis Subcellular Database）是由University of Western Australia的ARC Centre of Excellence in Plant Energy Biology維護(hù)的，包含了源自各個(gè)領(lǐng)域的關(guān)于擬南芥蛋白的亞細(xì)胞定位的數(shù)據(jù)，如熒光定位數(shù)據(jù)、亞細(xì)胞組分的蛋白質(zhì)組學(xué)研究、文獻(xiàn)及源于（Gene Ontology annotations, Swiss-Prot and gene descriptors）的同族蛋白的信息，還有采用軟件（10個(gè)）預(yù)測得到的數(shù)據(jù)，包括了非重復(fù)的將近7000個(gè)擬南芥蛋白及將近30000個(gè)采用生物 信息預(yù)測的方法獲得的蛋白亞定位信息。
http://www.suba.bcs.uwa.edu.au/
Top 大豆基因組和微陣列數(shù)據(jù)庫。
http://psi081.ba.ars.usda.gov/SGMD/default.htm
豆類基因圖譜數(shù)據(jù)庫。
http://scaffold.biologie.uni-kl.de/Beanrdf/
Integrating為大豆研究者建立的基因組學(xué)和分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫。
http://soybase.org/
大豆基因組瀏覽器數(shù)據(jù)庫整合了大豆基因組的信息，方便用戶查找到所需信息。
http://soybeangenome.siu.edu/
由日本農(nóng)業(yè)科學(xué)國際研究中心主導(dǎo)維護(hù)的中國東北部大豆基因組數(shù)據(jù)庫。
http://ss.jircas.affrc.go.jp/DB/guide-eng.html
豆類作物基因組ESTx信息數(shù)據(jù)庫，基因蛋白表達(dá)信息，該數(shù)據(jù)庫給出了多個(gè)品種的信息。
http://www.comparative-legumes.org/
ILDIS國際豆科植物數(shù)據(jù)庫和信息服務(wù)
http://www.ildis.org/LegumeWeb/
該數(shù)據(jù)庫為了TILLING (Forrest and Williams82)的大豆誘變突變體第二代庫工程而開發(fā)的，大約有3000個(gè)M2 lines按照其表型分類存儲。
http://www.soybeantilling.org/
Top TIGR的玉米數(shù)據(jù)庫。
http://maize.tigr.org/
mgsp:德國玉米基因組數(shù)據(jù)庫，基于基因組測序。
http://mips.gsf.de/proj/plant/jsf/maize/index.jsp
mtmDB:玉米定點(diǎn)誘導(dǎo)突變體數(shù)據(jù)庫。
http://mtm.cshl.org/
該數(shù)據(jù)庫儲存有玉米基因組的進(jìn)展信息。
http://www.agron.missouri.edu/
MaizeGDB:玉米基因組信息數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫包括所有遺傳學(xué)，基因產(chǎn)物，功能分析，以及相關(guān)文獻(xiàn)查閱等的信息。
http://www.maizegdb.org/
玉米基因組工程數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫是用于玉米基因組中分子和功能多樣性分析。
http://www.panzea.org
MAIZEWALL：法國的玉米細(xì)胞壁生物合成和裝配的生物信息分析和基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫。
http://www.polebio.scsv.ups-tlse.fr/MAIZEWALL/
玉米基因組數(shù)據(jù)庫
http://zmdb.iasstate.edu/
TOP MtGEA: 蒺藜苜?；虮磉_(dá)譜數(shù)據(jù)庫。收集了Affymetrix公司的苜蓿基因芯片的關(guān)于苜蓿多個(gè)器官的基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)。
http://bioinfo.noble.org/gene-atlas/
Brassica Genome Gateway 2008蕓苔基因組數(shù)據(jù)庫。
苜蓿數(shù)據(jù)庫，包括基因組注釋信息及部分表達(dá)譜數(shù)據(jù)。
http://medicago.cau.edu.cn/
MENS: Medicago EST Navigation System 苜蓿表達(dá)譜數(shù)據(jù)導(dǎo)航系統(tǒng)。包括EST測序數(shù)據(jù)，微陣列數(shù)據(jù)等。
http://medicago.toulouse.inra.fr/Mt/EST/
蒺藜苜蓿序列數(shù)據(jù)庫，由苜蓿基因組計(jì)劃完成測序。
http://www.medicago.org/genome/
蒺藜苜?；蚪M數(shù)據(jù)庫。
http://www.medicago.org/MtDB
MGI,NCGR和Samuel Roberts Noble基金會聯(lián)合開展的豆科苜蓿屬植物Medicago truncatula的基因組研究，在2000年４月已經(jīng)提交15000多條EST
http://www.ncgr.org/research/mgi/
苜蓿的生化途徑數(shù)據(jù)庫。
http://www.noble.org/mediccyc/
Top BASC系統(tǒng)提供遺傳的、基因組的、表型的數(shù)據(jù)的整合挖掘和瀏覽的工具。該公布資源擁有支持蕓苔的多國蕓苔基因組測序計(jì)劃的信息，直接基于5個(gè)模 塊，ESTDB, Microarray, MarkerQTL, CMap 和 EnsEMBL。ESTDB包括通過與GenBank, UniRef, and the genome sequence of Arabidopsis進(jìn)行序列比對后的ESTs數(shù)據(jù)及基因注釋；Microarray模塊擁有ESTDB中注釋的ESTs的表達(dá)譜數(shù) 據(jù)；MarkerQTL是最復(fù)雜的整合了遺傳標(biāo)記、圖譜、個(gè)體、基因型和特性的數(shù)據(jù)系統(tǒng)；另兩個(gè)模塊包括了擬南芥的EnsEMBL基因組可視化系統(tǒng)，以及 整合了遺傳和基因組信息的可視化的遺傳圖譜比對的CMap。
http://hornbill.cspp.latrobe.edu.au/cgi-binpub/brassica/index.pl
TOP 西紅柿基因組測序計(jì)劃數(shù)據(jù)庫。
http://mips.gsf.de/proj/plant/jsf/tomato/index.jsp
西紅柿功能基因組數(shù)據(jù)庫整合和擴(kuò)展了數(shù)個(gè)早期的諸如西紅柿表達(dá)譜數(shù)據(jù)庫和西紅柿代謝數(shù)據(jù)庫，及西紅柿小RNA數(shù)據(jù)庫的信息。
http://ted.bti.cornell.edu/
馬鈴薯晚疫病和大豆疫病EST數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫的建立是為了更好的了解病毒的發(fā)病機(jī)制以及抗性原理。
http://www.pfgd.org/pfgd/
PoMaMo是由德國植物基因組計(jì)劃建立的關(guān)于馬鈴薯的信息庫，包括目前已知的馬鈴薯的各個(gè)方面的生物信息數(shù)據(jù)，并通過BLAST對其基因進(jìn)行了注釋。
https://gabi.rzpd.de/PoMaMo.html
橡膠樹EST數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫介紹了相關(guān)的cDNA文庫，分析渠道KOG分類，GO注釋等。
http://genome.ukm.my/nrestdb/
TOP ForestTreeDB搜集了大規(guī)模測定數(shù)個(gè)樹木品種的EST序列的數(shù)據(jù)，并開發(fā)和采用已有的軟件對各序列進(jìn)行基因注釋，希望為該領(lǐng)域的研究人員提供幫助。同時(shí)還對相關(guān)數(shù)據(jù)庫作了鏈接，并為設(shè)計(jì)微陣列進(jìn)行基因表達(dá)譜研究創(chuàng)造條件。
