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導(dǎo)讀：

通過將用戶提供的基因表達(dá)定量數(shù)據(jù)，化合物定量數(shù)據(jù)映射并渲染到相關(guān)的KEGG通路圖上，能夠幫助我們直觀且系統(tǒng)地研究基因、酶、化合物間的關(guān)系。

KEGG通路圖簡(jiǎn)介

KEGG PATHWAY數(shù)據(jù)庫是一系列手動(dòng)繪制的圖形圖譜的集合，稱為KEGG通路圖，涵蓋了代謝通路、信號(hào)通路、各種細(xì)胞過程和生物系統(tǒng)相關(guān)的通路，以及與人類疾病相關(guān)的擾動(dòng)通路。通路圖標(biāo)識(shí)符為：物種縮寫+5位的數(shù)字編號(hào)。例如hsa04064，表示“NF-kappa B signaling pathway - Homo sapiens (human)”，而mmu04064則表示“NF-kappa B signaling pathway -Mus musculus (house mouse)”。

通路圖上各個(gè)元素所代表的意義

1，打開作圖URL

https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_kegg_pathway_map_by_pathview_092

2，示例數(shù)據(jù)

點(diǎn)擊圖片上方的示例數(shù)據(jù)，下載，并使用excel打開。

輸入數(shù)據(jù)包括兩列：

第一列是該pathway中包含的基因/化合物ID。其中基因ID使用的是NCBI的entrez gene id，純數(shù)字，例如3553為基因IL1B; interleukin 1 beta；化合物ID使用的是KEGG的compound

ID，以C開頭，例如C01245為“D-myo-肌醇 1,4,5-三磷酸鹽”，藥物ID使用的是KEGG的Drug ID，以D開頭，例如D08877為“Briobacept(USAN)”。

第二列是每個(gè)基因/化合物對(duì)應(yīng)的數(shù)值，可以是倍數(shù)變化（log2FC），或者其他任意有意義的數(shù)值。

其中首行首列為KEGG的Pathway ID，該ID可以在KEGG官網(wǎng)查詢。例如這里的hsa04064為“NF-kappa B signaling pathway -

Homo sapiens (human)”。必需指定物種，不能是map04064。

這些信息都可以在KEGG官網(wǎng)進(jìn)行查詢獲得，例如https://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?pathway+hsa04064

3，輸入檢查

示例數(shù)據(jù)：點(diǎn)擊輸入框下面的“示例”按鈕，將載入示例數(shù)據(jù)。

真實(shí)數(shù)據(jù)：數(shù)據(jù)放在excel中，調(diào)整好后，Ctrl+A選中數(shù)據(jù)，Ctrl+C拷貝，Ctrl+V粘貼數(shù)據(jù)到輸入框中。

然后使用輸入框下面的“輸入檢查”按鈕先對(duì)輸入數(shù)據(jù)進(jìn)行檢查。若檢查不通過，請(qǐng)根據(jù)檢查提示重復(fù)【修改-輸入檢查】步驟，直到檢查通過（如下圖所示），然后可以繼續(xù)選擇參數(shù)。

注：輸入檢查是新加功能，它會(huì)根據(jù)不同模塊的輸入要求，逐行逐列檢查輸入數(shù)據(jù)，并給出提示，確保數(shù)據(jù)符合模塊要求。

4，選擇參數(shù)

基因colorbar顏色：

提供了低顏色，中顏色和高顏色

基因colorbar數(shù)值范圍

例如若基因的數(shù)值范圍為[-2.5,3.5]，若最小值和最大值都留空，則colorbar的范圍就是[-4,4],即[負(fù)的絕對(duì)值最大的數(shù)向下取整，正的絕對(duì)值最大值向上取整]

若設(shè)定最小值和最大值，則根據(jù)所設(shè)定的值（默認(rèn)取整）設(shè)置colorbar對(duì)應(yīng)的數(shù)值范圍。

化合物colorbar顏色

提供了低顏色，中顏色和高顏色

化合物colorbar數(shù)值范圍

例如若化合物的數(shù)值范圍為[-2.5,3.5]，若最小值和最大值都留空，則colorbar的范圍就是[-4,4],即[負(fù)的絕對(duì)值最大的數(shù)向下取整，正的絕對(duì)值最大值向上取整]

若設(shè)定最小值和最大值，則根據(jù)所設(shè)定的值（默認(rèn)取整）設(shè)置colorbar對(duì)應(yīng)的數(shù)值范圍。

圖例colorbar的位置

左上、左下、右上、右下

5，提交出圖

檢查通過，并且參數(shù)選好后，點(diǎn)擊“提交”按鈕，約15s后（后臺(tái)需要從KEGG官網(wǎng)下載數(shù)據(jù)），會(huì)在頁面上顯示pathway map預(yù)覽圖。由于該圖是在KEGG Pathway Map的基礎(chǔ)上，對(duì)圖片進(jìn)行上色后獲得的圖，因此，僅提供了300 dpi png格式圖片供下載。