一、輸入文件要求
運(yùn)行infercnv之前，需要準(zhǔn)備三個文件：1、單細(xì)胞表達(dá)矩陣文件；2、細(xì)胞類型注釋文件；3、基因坐標(biāo)文件。
inferCNV示例數(shù)據(jù)
oligodendroglioma_expression_downsampled.counts.matrix"
"oligodendroglioma_annotations_downsampled.txt"
"gencode_downsampled.EXAMPLE_ONLY_DONT_REUSE.txt"
1、表達(dá)矩陣：行為基因名，列為樣本名，而且必須為count原始表達(dá)矩陣
2、細(xì)胞注釋文件：實戰(zhàn)時根據(jù)自己的具體細(xì)胞信息創(chuàng)建
3、基因坐標(biāo)文件
a.下載基因組對應(yīng)的GTF文件，自己提取基因坐標(biāo)信息，這個對初學(xué)者可能有點困難。
b.broad準(zhǔn)備好的文件：https://data.broadinstitute.org/Trinity/CTAT/cnv/
10x scRNA數(shù)據(jù)一般比對GRCh38版基因組，下載文件請選擇V21版
c.通過AnnoProbe包創(chuàng)建基因坐標(biāo)文件（jimizeng老師）
dat=read.table("/inferCNV/SCE_M/mix_exp_M.csv",stringsAsFactors=FALSE, header=TRUE, check.names=FALSE,row.names=1,sep=",")
library(AnnoProbe)
geneInfor=annoGene(rownames(dat),"SYMBOL","human")
colnames(geneInfor)
geneInfor=geneInfor[with(geneInfor, order(chr, start)),c(1,4:6)]
geneInfor=geneInfor[!duplicated(geneInfor[,1]),]
length(unique(geneInfor[,1]))
head(geneInfor)
# 這里可以去除性染色體
#也可以把染色體排序方式改變
dat=dat[rownames(dat) %in% geneInfor[,1],]
dat=dat[match( geneInfor[,1], rownames(dat) ),]
dim(dat)
head(geneInfor)
geneFile='/inferCNV/SCE_M/geneFile.txt'
write.table(geneInfor,file = geneFile,sep = '\t',quote = F,col.names = F,row.names = F)
