今天分享一篇TCGA數(shù)據(jù)挖掘+實驗驗證的文章，文章發(fā)表業(yè)內(nèi)老牌期刊Oncogene上，影響因子：7.971，中科院最新分區(qū)：1區(qū)，非OA期刊。參考文章來源：PMID: 33420370 DOI: 10.1038/s41388-020-01635-y。
研究背景：
前膠原賴氨酰羥化酶1（PLOD1）在惡性腫瘤中高表達，例如食道鱗狀細胞癌，胃癌和大腸癌。生物信息學分析顯示PLOD1與GBM的進展有關，尤其是最惡性的間充質(zhì)亞型（MES）。此外，在TCGA和CGGA數(shù)據(jù)集中，PLOD1表達高的患者的平均生存時間明顯短于低表達的患者。臨床樣本證實了這一結(jié)果。因此，我們旨在研究PLOD1在體外和體內(nèi)對間充質(zhì)GBM發(fā)育的影響及其可能的機制。
研究結(jié)果：
對源自患者的神經(jīng)膠質(zhì)瘤干細胞進行了分子實驗，發(fā)現(xiàn)PLOD1在GBM患者的腫瘤組織和癌細胞系中表達更高，尤其是在MES中。PLOD1還增強了腫瘤的生存能力，增殖，遷移，并促進了MES轉(zhuǎn)換，同時抑制了細胞凋亡。腫瘤異種移植結(jié)果還表明PLOD1的過表達顯著促進了腫瘤的惡性行為。從機理上講，生物信息學分析進一步表明PLOD1表達與NF-κB信號通路密切相關。此外，我們還發(fā)現(xiàn)低氧環(huán)境也增強了PLOD1的促腫瘤作用。
研究結(jié)論：
總之，PLOD1的過表達可能是GBM增強浸潤性和MES轉(zhuǎn)換的重要因素。因此，PLOD1是間充質(zhì)GBM甚至所有GBM的潛在治療靶標。
分析內(nèi)容：
1、證實PLOD1在MES GBM中上調(diào)，與生存率呈負相關（數(shù)據(jù)挖掘+實驗）
2、證實PLOD1基因敲減抑制了MES GSC富集的腫瘤球的生長和體外侵襲，PLOD1過表達促進體外GSC的生長，侵襲和MES轉(zhuǎn)化
3、PLOD1調(diào)節(jié)GSC中的NF-κB信號通路
4、證實NF-κB抑制劑可消除PLOD1誘導的MES GSC富集的腫瘤球的體外生長和侵襲
5、證實HIF1可在缺氧條件下直接誘導PLOD1的表達
6、證實PLOD1敲減可消除缺氧誘導的MES GSC富集的腫瘤球的生長和體外侵襲
7、證實低氧誘導的PLOD1調(diào)節(jié)膠原蛋白I表達，PLOD1影響體內(nèi)GSC的致瘤性和MES分化
