Heffner, E.L., Lorenz, A.J., Jannink, J.-L., and Sorrells, M.E. 2010. Plant Breeding with Genomic Selection: Gain per Unit Time and Cost. Crop Sci. 50(5): 1681. doi:10.2135/cropsci2009.11.0662.

計(jì)算對(duì)選擇的響應(yīng)

使用單變量和多變量（Cochran，1951; Utz，1969）形式的經(jīng)典育種方程來(lái)確定上述每個(gè)程序的預(yù)期遺傳增益。單變量種雞的方程被用于GS-BP，因?yàn)樗鼈冎话ㄒ粋€(gè)選擇階段。期望的遺傳增益可以表示為R = irTA，其中R是對(duì)選擇的響應(yīng)，i是選擇的強(qiáng)度（所選擇的個(gè)體以表型標(biāo)準(zhǔn)偏差為單位的平均偏差），rA是選擇準(zhǔn)確度，TA是育種值的標(biāo)準(zhǔn)差（Falconer和Mackay，1996）。選擇準(zhǔn)確性等于選擇標(biāo)準(zhǔn)和育種值之間的相關(guān)性（即，表型或GEBV與真實(shí)育種值[TBV]之間的相關(guān)性）。在表型選擇上，rA等于狹義遺傳力（h）的平方根。本文將使用選擇準(zhǔn)確性來(lái)描述表型，GEBVS或其組合預(yù)測(cè)TBV的能力。
為了計(jì)算涉及多個(gè)選擇階段的MAS-BP的預(yù)期遺傳增益，使用如Tomerius（2001）中所描述的由Cochran（1951）最初由Utz（1969）推出的兩個(gè)階段和擴(kuò)展到三個(gè)階段的精確公式。除了決定單一選擇階段的預(yù)期反應(yīng)的參數(shù)之外，多階段選擇取決于每個(gè)階段選擇標(biāo)準(zhǔn)之間的相關(guān)性（Tomerius，2001）。 Wricke和Weber（1986）提供了從多個(gè)選擇階段計(jì)算預(yù)期收益的詳細(xì)描述。我們編寫(xiě)了R程序（R開(kāi)發(fā)核心團(tuán)隊(duì)，2009），涉及R package mvtnorm（Genz et。al。，2009），以數(shù)值方式確定階段2和3的多元分布的截?cái)帱c(diǎn)。Bulmer的遞歸方程（Bulmer，1971 ; Falconer和Mackay，1996）迭代，直到遺傳變異達(dá)到平衡。平衡遺傳方差被用來(lái)計(jì)算遺傳增益。