一、AAI

氨基酸一致性amino acid identity（AAI）是獲得屬或更高分類群分類結(jié)構(gòu)的一種客觀方法。常用工具：

• CompareM：github說明
  安裝使用參考利用ANI AAI比較細菌基因組
  作者已經(jīng)不再維護，并推薦了AAI calculator和 EzAAI tool
  
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• AAI calculator：在線工具，以蛋白質(zhì)序列作為輸入文件
• EzAAI tool：從基因組組裝到最終樹狀圖的快速而準(zhǔn)確的管道
  Kim, D., Park, S. & Chun, J. Introducing EzAAI: a pipeline for high throughput calculations of prokaryotic average amino acid identity. J. Microbiol 59, 476-480 (2021). (https://doi.org/10.1007/s12275-021-1154-0)

二、軟件使用

2.1 軟件安裝

• EzAAI v1.0
• Java RE 8+ ：java8參考ubuntu配置jre8
• Prodigal : 用conda安裝，conda install -c bioconda prodigal
• MMSeqs2: 用conda安裝， conda install -c bioconda mmseqs2

2.2 軟件使用

EzAAI extract 從基因組序列中提取profile數(shù)據(jù)庫

$  java -jar EzAAI_latest.jar  extract -i fasta/Cn.fasta -o db/Cn.db -l "Clavibacter nebraskensis"
$  java -jar EzAAI_latest.jar extract -i fasta/Ci.fasta -o db/Ci.db -l "Clavibacter insidiosus"
$  java -jar EzAAI_latest.jar extract -i fasta/Mh.fasta -o db/Mh.db -l "Microbacterium hominis"
$  java -jar EzAAI_latest.jar extract -i fasta/Ma.fasta -o db/Ma.db -l "Microbacterium aurum"
$  java -jar EzAAI_latest.jar extract -i fasta/Lc.fasta -o db/Lc.db -l "Leucobacter chironomi"
$  java -jar EzAAI_latest.jar extract -i fasta/Lm.fasta -o db/Lm.db -l "Leucobacter muris"

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EzAAI calculate 從profile數(shù)據(jù)庫計算AAI值
EzAAI將自動檢測目錄中的.db文件，并使用MMSeqs2計算每株菌與其他菌之間的AAI值。

$ java -jar EzAAI_latest.jar calculate -i db/ -j db/ -o out/aai.tsv

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EzAAI cluster - 通過AAI值做層次聚類

$ java -jar EzAAI_latest.jar cluster -i out/aai.tsv -o out/sample.nwk

生成的nwk文件用MEGA做可視化

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完成!