發(fā)簡信
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「數(shù)據(jù)整理」使用tidyr包和dplyr包進(jìn)行數(shù)據(jù)清洗最近處理擴(kuò)增子數(shù)據(jù)，很多數(shù)據(jù)需要轉(zhuǎn)化整理，從而適用于ggplot2系列的可視化工作，之前常常在Excel表格中手動整理，今天記錄寫一下使用tid...
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「數(shù)據(jù)整理」處理fasta文件的簡單命令
1. 將fasta中的header name替換為對應(yīng)的fasta文件名 2. 提取fasta文件第一條序列信息 3. 批量修改文件名
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「數(shù)據(jù)整理」將含有兩列數(shù)據(jù)的table轉(zhuǎn)為二進(jìn)制矩陣數(shù)據(jù)
1. 修改的需求 2.在R中實(shí)現(xiàn)目的
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「數(shù)據(jù)整理」批量修改fasta文件的headers name
在使用一些生信軟件前，你需要將你自己的數(shù)據(jù)整理成軟件要求的格式，軟件以及流程跑完了產(chǎn)出的文件，也需要整理成你自己想要的格式，以便于你將結(jié)果投喂給...
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「生信軟件」好用的細(xì)菌基因組組裝與注釋軟件
1. Spades[https://github.com/ablab/spades] 細(xì)菌基因組組裝最佳軟件(主觀感受)，可進(jìn)行二代組裝，三代...
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使用ggplot2繪制菌群組成堆疊圖堆疊圖主要看不同菌群在該樣本中的相對比例，把每個樣本的情況或者每個處理組的情況展示出來，可以大致看出樣本的重復(fù)性好壞和不同處理間的某些菌群變化趨...
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向ggplot2圖中添加系統(tǒng)進(jìn)化樹并共享y軸最近做細(xì)菌比較基因組學(xué)分析，跑了一下Roary軟件，出來了一些結(jié)果和圖，看了看Roary軟件github上的作圖代碼，使用的python語言對系...
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使用plasmidID軟件組裝細(xì)菌質(zhì)粒(reference-based方法)
細(xì)菌質(zhì)粒相比較于細(xì)菌染色體基因非常容易發(fā)生水平轉(zhuǎn)移，質(zhì)?？蓮沫h(huán)境中獲得質(zhì)粒或丟失掉。質(zhì)粒的存在往往有利于細(xì)菌的生存，，質(zhì)粒上常常帶有抗生素抗性基...
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16S rRNA擴(kuò)增子之a(chǎn)lpha多樣性結(jié)果可視化(分面和拼圖)數(shù)據(jù)的分析和可視化工作沒有止境！ 1. alpha多樣性數(shù)據(jù)導(dǎo)入和整理 數(shù)據(jù)來自公司給的alpha多樣性指數(shù)數(shù)據(jù)表格，主要包括Observe，C...