在使用SnapGene進(jìn)行質(zhì)粒構(gòu)建、引物設(shè)計(jì)、片段擴(kuò)增時(shí)候，你是不是也遇到如下令人頭疼的問(wèn)題： 序列導(dǎo)入SnapGene后，軟件自動(dòng)識(shí)別的元件Common Features有...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：北京
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如何獲取質(zhì)粒上的特征元件 -
實(shí)驗(yàn)室用過(guò)sacB pheS和codA作為負(fù)篩標(biāo)簽。 啟動(dòng)強(qiáng)度很重要，太強(qiáng)了對(duì)宿主又負(fù)擔(dān)，弱了篩選效果不好。
基于pheS*負(fù)篩選標(biāo)記的細(xì)菌無(wú)痕編輯
閱讀文獻(xiàn)可以拓寬學(xué)術(shù)視野，而深挖復(fù)刻文獻(xiàn)數(shù)據(jù)，有助于實(shí)驗(yàn)開展的更加順利。知是行之始，行是知之成，“知行合一”，方能游刃有余。有感于此，正式開啟本人的“文獻(xiàn)掘墳”之旅！ 今天來(lái)...
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基于pheS*負(fù)篩選標(biāo)記的細(xì)菌無(wú)痕編輯閱讀文獻(xiàn)可以拓寬學(xué)術(shù)視野，而深挖復(fù)刻文獻(xiàn)數(shù)據(jù)，有助于實(shí)驗(yàn)開展的更加順利。知是行之始，行是知之成，“知行合一”，方能游刃有余。有感于此，正式開啟本人的“文獻(xiàn)掘墳”之旅！ 今天來(lái)...
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GATK Best Practices for RNA-Seq前言 GATK是由Broad institute開發(fā)的用于變異檢測(cè)(例如: SNP, Indel等)高通量測(cè)序數(shù)據(jù). 目前GATK已經(jīng)被廣泛應(yīng)用于人類以及哺乳動(dòng)物從WGS (...
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測(cè)序了，然后呢（四）有了OrgDb才能進(jìn)行富集分析劉小澤寫于19.1.20-21要進(jìn)行GO或者KEGG富集分析，就需要知道每個(gè)基因?qū)?yīng)什么樣的GO/KEGG分類，OrgDb就是存儲(chǔ)不同數(shù)據(jù)庫(kù)基因ID之間對(duì)應(yīng)關(guān)系，以及基因與G...
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@是團(tuán)子呀 基因組組裝水平肯定影響注釋結(jié)果，大量片段沒(méi)組裝出來(lái)或者錯(cuò)誤組裝會(huì)嚴(yán)重影響注釋結(jié)果，我只做過(guò)細(xì)菌基因組組裝。
「生信軟件」好用的細(xì)菌基因組組裝與注釋軟件
1. Spades[https://github.com/ablab/spades] 細(xì)菌基因組組裝最佳軟件(主觀感受)，可進(jìn)行二代組裝，三代組裝以及二代三代混合組裝。 2...
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Shell三劍客 與 核酸序列寫在前面：我是想著給課題組師弟師妹們培訓(xùn)出的一些例題。哈哈哈，沒(méi)想到也難到了自己，因此花上了一些時(shí)間思考著這些平時(shí)我們用python或者其他現(xiàn)有的軟件實(shí)現(xiàn)的功能，如何用三劍客...
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@是團(tuán)子呀 肯定有影響
「生信軟件」好用的細(xì)菌基因組組裝與注釋軟件
1. Spades[https://github.com/ablab/spades] 細(xì)菌基因組組裝最佳軟件(主觀感受)，可進(jìn)行二代組裝，三代組裝以及二代三代混合組裝。 2...
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對(duì)科研的思考
科研成果的產(chǎn)出離不開以下幾點(diǎn)： 新穎的課題課題具有一定的創(chuàng)新性和生物學(xué)意義。很大程度上講，這是決定科研水平高低的關(guān)鍵。 科研工作者的自身努力優(yōu)秀科研成果都離不開個(gè)人的辛勤付出...
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2022-02-01新年愿景
2022年，將是我博士的收官之年將投稿的論文盡快發(fā)表出來(lái)，達(dá)到博士畢業(yè)的硬性條件。同步地，近期將測(cè)序文章修改完畢再投出去，做一個(gè)保底的準(zhǔn)備。年后將近期做的另外兩個(gè)miRNA功...
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電泳條帶灰度定量分析及圖形展示本文主要是解決sgRNA體外切割活性效率的評(píng)估及圖形化展示。 軟件： Gel-Pro Analyzer ImageJ 一、Gel-Pro Analyzer分析 啟動(dòng)Gel-P...
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RNAi干擾真的能適用所有基因嗎？苦苦研究了那么久沒(méi)有效果，別人卻能做出似是而非的效果，而且還發(fā)表出來(lái)了。真是妙哉妙哉！ 卵巢效果這么好，統(tǒng)計(jì)的表面積都顯著降低。 但是，產(chǎn)卵統(tǒng)計(jì)竟然沒(méi)有差異，這么矛盾的實(shí)驗(yàn)結(jié)...
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Endnote修改符合雜志要求的參考文獻(xiàn)格式Author: Junfei XieDate: 2021-08-18 本文是我在撰寫文章手稿時(shí)候，自學(xué)或摘錄的Endnote零碎知識(shí)點(diǎn)，雖然網(wǎng)上關(guān)于Endnote的指南文章甚...
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磁珠法核酸純化的半自動(dòng)化實(shí)踐本文是基于筆者核酸純化經(jīng)驗(yàn)和對(duì)自動(dòng)化的理解，整理并優(yōu)化的核酸純化Protocol，配以真空吸液系統(tǒng)，可以實(shí)現(xiàn)高效率的核酸純化操作，是相對(duì)較為簡(jiǎn)單、高效、經(jīng)濟(jì)的核酸純化方案。姑...
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2021-10-09 miRNA 熒光原位雜交技術(shù)（FISH）
Author: Junfei XieDate: 09-10-2021 組織解剖及預(yù)處理： 實(shí)蠅冰上麻醉，放入75%酒精中消毒3分鐘，然后轉(zhuǎn)入PBS清洗； 清洗干凈的果蠅放入盛...
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一步步教你NCBI_SRA上傳測(cè)序數(shù)據(jù)測(cè)序文章在審稿期間，審稿人往往需要作者上傳原始數(shù)據(jù)至NCBI。而搜索引擎搜到的參考資料甚少，不得不邊摸索邊總結(jié)，幾番倒騰終于上傳成功。今天小編把經(jīng)驗(yàn)用圖文展示，手把手教你，一...
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了塵蘭若的小坑上線啦
個(gè)人博客維護(hù)了有幾年了，終于買了自己的域名，www.liaochenlanruo.fun。 Fun代表有趣，就是玩！ 邊玩邊學(xué)，對(duì)，博客主要是生信文，微生物基因組，比較基因組...
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2021-10-07 ggplot2進(jìn)行圖形化操作之縮放1. 控制圖形范圍 控制圖形范圍的方法有3種： 調(diào)整繪圖所用數(shù)據(jù)； 設(shè)置標(biāo)度范圍； 在coord_cartesian()函數(shù)種設(shè)置xlim 和ylim參數(shù)值。 用mpg數(shù)據(jù)演...
