學習小組Day3----七七七七
學習內(nèi)容：
- conda：linux的應用商店（精華版：miniconda）
- 安裝和配置miniconda
- 使用miniconda
一、安裝相當于App store 的miniconda
百度搜索 miniconda 清華 點擊第一個鏈接進入清華鏡像
下拉找到這個網(wǎng)站
屏幕快照 2020-04-19 上午10.52.02.png
點進去，找到Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh這個最新版本，并且是適用于服務器的86_64位數(shù)的安裝包（注：連接服務器，輸入命令uname -a，查看服務器位數(shù)）
右鍵單擊，拷貝鏈接
屏幕快照 2020-04-19 上午10.55.33.png
安裝軟件的命令：
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
這一步只是導入了一個.sh的腳本，接下來進行安裝
輸入命令：
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
回車跳過一切版權(quán)信息，輸入yes或者點擊enter
屏幕快照 2020-04-19 上午11.05.43.png
出現(xiàn)thank you for 的字樣安裝成功
輸入命令：
source ~/.bashrc
來激活conda
激活后輸入命令：
conda
啟動conda軟件
二、運用miniconda
conda list#查看當前所有軟件列表#
conda search fastqc#搜索fastqc軟件#
conda install fastqc -y#默認安裝最新版本，-y自動安裝的命令#
conda install fastqc=0.11.7 -y#安裝指定版本#
屏幕快照 2020-04-19 上午11.35.20.png
fastqc安裝完成
下面學習卸載fastqc
conda remove fastqc -y
屏幕快照 2020-04-19 上午11.40.58.png
選修：conda環(huán)境
1、查看conda環(huán)境
conda info --envs#帶*的就是默認環(huán)境#
屏幕快照 2020-04-19 下午1.51.39.png
2、創(chuàng)立一個conda環(huán)境
創(chuàng)建新的環(huán)境，命名rna-seq，指定python版本3，同時安裝fastqc trimmomatic軟件,輸入命令一步到位：
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
再次conda info --envs檢查環(huán)境
屏幕快照 2020-04-19 下午1.52.49.png
這次有兩個環(huán)境，一個名為base的和一個名為rna-seq的，默認還是*base的環(huán)境。
新的環(huán)境需要激活
3、激活新的環(huán)境
conda activate rna-seq
命令讓*轉(zhuǎn)移到rna-seq環(huán)境的前面，變成默認環(huán)境
fastqc
查看這個軟件（沒有任何命令，只代表你成功安裝并且能夠使用）
4、思維導圖
屏幕快照 2020-04-19 下午2.06.18.png
