一 Linux 環(huán)境及軟件安裝

1.設(shè)定工作目錄 cd ~/biosoft

image.png

2.下載sh腳本

這一步我是找到該列后，看左下角顯示了鏈接后右鍵復(fù)制，回到Xshell后右鍵直接復(fù)制/Shift+Insert完成。
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

3.安裝miniconda3 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

image.png

中間會(huì)有more，我是按空格鍵一直往下翻，才會(huì)出現(xiàn)yes no的行。會(huì)出現(xiàn)按過頭的情況，按回車重新輸入即可。
然后再來一次回車

image.png

已安裝后再來一次則會(huì)提示錯(cuò)誤，說已安裝。

image.png

4.激活

source ~/.bashrc

image.png

5.設(shè)置鏡像

conda config --add channels 網(wǎng)址

image.png

二 conda應(yīng)用

1.查看所用軟件

image.png

看著列表跟老師的不一樣，后來又推出到根目錄下試了一次還是一樣。

2.安裝fastqc并用fastqc --help確認(rèn)

conda install fastqc -y 安裝

image.png

確認(rèn)

image.png

3.卸載

conda remove fastqc -y

三 Conda環(huán)境

個(gè)人理解跟R的Project、Rda類似

1.查看環(huán)境

conda info --envs

image.png

2.創(chuàng)建環(huán)境并安裝軟件

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

image.png

3.激活新環(huán)境及退出

先查看所有環(huán)境，顯示新環(huán)境創(chuàng)建成功

image.png

conda activate rna-seq激活并檢驗(yàn)

image.png

image.png

最前面的括號(hào)內(nèi)容改變。

Linux環(huán)境及軟件下載.png