今天也是記流水賬的一天，下載安裝了 conda ，了解了一下 conda 環(huán)境，今天的任務還挺輕松的，但是讓我對linux服務器上的軟件安裝好像認識得更直觀了一點點。不過還是不完全明白，我們在服務器上能調(diào)用哪些范圍內(nèi)的軟件？比如一個組每個同學有自己的賬號，但是大家的目錄都在課題組目錄下，組里別的同學下載安裝的軟件我也能用，這是為什么呢，我們能調(diào)用到哪個層級的目錄下的軟件是取決于什么呀？

1. 登錄服務器，查看服務器是多少位的，

   bio04@VM-0-6-ubuntu:~$ uname -a
   Linux VM-0-6-ubuntu 4.15.0-118-generic #119-Ubuntu 
   SMP Tue Sep 8 12:30:01 UTC 2020 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
   

2. 看樣子是 64 位的，然后去找miniconda for Linux 64的最新版本，順利下載到了 biosoft 目錄下

   bio04@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
   --2022-05-11 17:50:14--  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
   Resolving mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn (mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn)... 101.6.15.130, 2402:f000:1:400::2
   Connecting to mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn (mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn)|101.6.15.130|:443... connected.
   HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
   Length: 75660608 (72M) [application/octet-stream]
   Saving to: ‘Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh’
   
   Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh         100%[==================================================================================>]  72.16M  1.19MB/s    in 70s     
   
   2022-05-11 17:51:25 (1.03 MB/s) - ‘Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh’ saved [75660608/75660608]
   

3. 重要步驟之安裝
   輸入 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 之后enter了超多遍過了很多條款，終于到了 Do you accept the license terms? [yes|no] ，yes 了兩下，成功安裝！

   ==> For changes to take effect, close and re-open your current shell. <==
   
   If you'd prefer that conda's base environment not be activated on startup, 
   set the auto_activate_base parameter to false: 
   
   conda config --set auto_activate_base false
   
   Thank you for installing Miniconda3!
   ```
   

4. 重要步驟之激活
   聽話地關閉了 Xshell 重新打開，結果發(fā)現(xiàn)沒注意把conda3 安裝到 biosoft 下，一不小心直接安裝到了自己的主目錄下。問題不大，繼續(xù)激活。直接在主目錄下輸入 source ~/.bashrc ，之后在隨便哪個文件夾下輸入conda都能出來conda的基本信息，不太懂它的作用范圍，查了一下安裝路徑，是在conda里面，所以是在我的主目錄下都可以調(diào)用的意思嗎？

   (base) bio04@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$ whereis conda
   conda: /home/bio04/miniconda3/bin/conda /home/bio04/miniconda3/condabin/conda
   

5. 添加鏡像：輸入后沒有什么反饋，應該就沒事了吧
6. 正式使用conda：
   試了不加 -y 直接 conda install fastqc ，結果就是自己輸了一個 y，別的似乎沒啥，試了一些 fastqc -help 能看到幫助文檔，到這里就安裝好 fastqc 啦，也順便看了看它安裝到了哪里

   (base) bio04@VM-0-6-ubuntu:~$ whereis fastqc
   fastqc: /home/bio04/miniconda3/bin/fastqc
   

7. conda環(huán)境

   (base) bio04@VM-0-6-ubuntu:~$ conda info --envs
   # conda environments:
   #
   base                  *  /home/bio04/miniconda3
   
   (base) bio04@VM-0-6-ubuntu:~$ conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
   (base) bio04@VM-0-6-ubuntu:~$ conda info --envs
   # conda environments:
   #
   base                  *  /home/bio04/miniconda3
   rna-seq                  /home/bio04/miniconda3/envs/rna-seq
   
   (base) bio04@VM-0-6-ubuntu:~$ conda activate rna-seq
   (rna-seq) bio04@VM-0-6-ubuntu:~$ conda info --envs
   # conda environments:
   #
   base                     /home/bio04/miniconda3
   rna-seq               *  /home/bio04/miniconda3/envs/rna-seq
   

8. 見識了一次掉線）

   Socket error Event: 32 Error: 10053.
   Connection closing...Socket close.
   
   Connection closed by foreign host.
   
   Disconnected from remote host(linux) at 19:58:12.
   
   Type `help' to learn how to use Xshell prompt.
   [D:\~]$ 
   

那就到這里吧~