Get專屬AppStore

Conda 是一個開源的軟件包管理系統(tǒng)和環(huán)境管理系統(tǒng)，用于安裝多個版本的軟件包及其依賴關系，并在它們之間輕松切換。

Step1

bing搜索miniconda 清華get下載地址
bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
稍等片刻
2020-02-21 10:49:47 (3.87 MB/s) - ‘Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh’ saved [71785000/71785000]

Step2

安裝
bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
在Windows系統(tǒng)里復制ctrl+c 黏貼ctrl+v 在linux里面復制按一下左鍵 黏貼按一下右鍵
Thank you for installing Miniconda3!

Step3

激活
bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ source ~/.bashrc
加載下載鏡像的地址

(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free

(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge

(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda

(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda config --set show_channel_urls yes

恭喜你已get自己專屬的appstore！

如何正確使用你的應用商店

conda list 顯示你擁有的包包
conda search fastqc 在商店搜索應用程序
conda install fastqc -y 下載應用程序的最新版本-y
conda remove fastqy -y 卸載應用程序

初試環(huán)境

在完成不同的項目時可能需要某一個軟件的多個版本，使用conda environment，安裝不同版本的軟件，互不干擾，好比分身。

conda info --envs查看當前環(huán)境

# conda environments:
#
base                  *  /home/bio13/miniconda3

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
建立一個名叫rna-seq的環(huán)境，指定python3版本，安裝fastqc、trimmomatic兩個軟件。
conda activate rna-seq激活剛才新建的環(huán)境
然后可以輸入fastqc測試一下