conda簡介

conda最初為管理python包而創(chuàng)建，是一個開源的軟件包、環(huán)境管理系統(tǒng)，可以用于在同一個機器上安裝不同版本的軟件包及其依賴，并能夠在不同的環(huán)境之間切換。
miniconda包括conda、python和一些基礎的軟件包，主要用于生信領域。
anaconda包括miniconda和眾多高質量的軟件包，比如numpy、pandas等。

來源：生信星球

服務器中下載miniconda

下載網址

谷歌搜索“miniconda 清華”，點擊第一個，下滑到“Miniconda 鏡像使用幫助”，點擊網址鏈接，進入miniconda[下載頁面]。(https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/)。

查看linux操作系統(tǒng)版本和位數(shù)

輸入命令 uname -a。

復制下載鏈接

點擊Date↓，按時間由近到遠排序，

找到最新（latest）版本的miniconda，右鍵，復制鏈接地址。

下載miniconda

1. 輸入cd biosoft，進入biosoft目錄。
2. 輸入wget 粘貼剛才復制的鏈接地址（windows中按鼠標右鍵），回車，進入下載。
   

sh是腳本（就是一個程序，后臺的代碼）文件的后綴，也就是說其實這是一個下載的腳本，如果你安裝失敗了，這個腳本是不需要重新下載的，還是可以用的。

安裝和配置miniconda

安裝miniconda

輸入bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh，回車，開始安裝過程。中間出現(xiàn)很多版權信息，按回車繼續(xù)。

添加鏡像

所謂鏡像網站，相當于主網站的副本，conda在國外，我們在國內下載軟件速度會很慢，因此配置鏡像，從鏡像網站下載，可以加快下載速度。

把下面的代碼全部復制到命令行，粘貼、回車。

# 使用中科大的鏡像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes # 從channel中安裝包時顯示channel的url，這樣可以知道包的安裝來源

使用miniconda

1. 查看當前服務器上安裝的所有軟件列表 conda list
   

2. 安裝軟件conda install fastqc -y
-y為yes，表示安裝過程中conda的所有問題都回答yes。（不加-y則需要輸入y繼續(xù)。）

默認安裝最新版本，但是有的軟件新版本bug比較多，可能需要用到老版本。如果要指定版本號，可以conda install fastqc=0.11.7 -y

3. 確認fastqc軟件是否安裝成功
   輸入fastqc --help，出現(xiàn)幫助文檔表示安裝成功。
   

4. 卸載軟件conda remove fastqc -y
   

conda分身

生信實戰(zhàn)中，需要分析轉錄組、基因組組裝、重測序等多個項目。
每一個項目都需要不同的軟件，另外軟件之間的結合也是需要版本要求的，比如A項目你需要用a軟件V 1.0版本，但是處理B項目又需要用到a軟件的V 1.5版本，怎么辦？
--別想了，辦法就是分身?。“凑漳愕捻椖浚ㄖ撇煌姆稚?，安裝不同的軟件，互不干擾。這個分身就是不同的“conda environment”。

查看當前conda的環(huán)境conda info --envs，顯示只有一個conda環(huán)境。

下面以處理轉錄組數(shù)據(jù)為例：

1. 建立一個名叫rnaseq的conda環(huán)境，指定python版本是3（這里指定python版本是因為有的軟件是基于python開發(fā)的，而不是要用python)，安裝軟件fastqc、trimmomatic。
   conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
   
2. 再次查看conda環(huán)境conda info --envs，多了一個rna-seq，但默認還是base。
   
3. 激活新的conda環(huán)境conda activate rna-seq，在用戶名bio06前面出現(xiàn)了(rna-seq)。
   再次查看conda環(huán)境，*轉移到rna-seq前面。
   
   
   輸入fastqc，顯示幫助文檔，說明可以使用fastqc了。
   
4. 退出當前環(huán)境conda deactivate。