Linux環(huán)境下的軟件安裝

教程

思維導(dǎo)圖

• 準(zhǔn)備工作

1. 在“終端”中輸入ssh root@IP地址進(jìn)入
2. 輸入bzip2檢查是否存在,沒有的話顯示報錯
3. 沒有的話繼續(xù)輸入yum install -y bzip2,出現(xiàn)complete表示安裝完成

• 下載miniconda

1. 復(fù)制下載鏈接
   百度“miniconda”→選擇linux 64-bit-python 3.7版本→復(fù)制下載鏈接
2. 登錄服務(wù)器，輸入cd biosoft進(jìn)入該目錄
3. 輸入下載鏈接
   輸入wget 下載鏈接,注意linux中的粘貼為單擊鼠標(biāo)右鍵,下載鏈接在此

• 安裝miniconda

1. 用bash運(yùn)行這個安裝用的腳本，腳本是剛才下載的
2. 輸入bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh,一直敲回車直到yes or no，輸入yes，繼續(xù)敲回車，等待安裝結(jié)束后輸入yes
3. 出現(xiàn)thank you for installing miniconda3表示安裝成功

• 激活miniconda

1. 輸入source ~/.bashrc
2. 命令行輸入conda，出現(xiàn)滿屏信息說明成功，出現(xiàn)一行簡短的報錯說明激活失敗，則需要將miniconda目錄刪除，從“怎么安裝miniconda”開始重新安裝
   安裝幫助：鏈接 密碼iwcd4k

• 添加鏡像

把下面的代碼一行一行復(fù)制到命令行，每次粘貼結(jié)束后都需要敲回車

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

• 開始使用conda

1. 輸入conda list查看當(dāng)前所有軟件列表
2. 輸入conda search fastqc搜索軟件,以數(shù)據(jù)質(zhì)控軟件fastqc為例
3. 輸入conda install fastqc -y安裝軟件,加上-y為自動安裝
4. 輸入conda remove fastqc -y卸載軟件

• 了解conda環(huán)境

生信實(shí)戰(zhàn)中，需要分析轉(zhuǎn)錄組、基因組組裝、重測序等多個項目。
每一個項目都需要不同的軟件，另外軟件之間的結(jié)合也是需要版本要求的，比如A項目你需要用a軟件V 1.0版本，但是處理B項目又需要用到a軟件的V 1.5版本，怎么辦？
辦法就是“分身”！按照你的項目，定制不同的分身，安裝不同的軟件，互不干擾。這個分身就是不同的“conda environment”。

1. 輸入conda info --envs查看當(dāng)前環(huán)境，最前面帶*的即為默認(rèn)環(huán)境
2. 輸入conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y，目的是建立一個名叫rnaseq的conda環(huán)境，然后指定python版本是3，安裝軟件fastqc、trimmomatic
3. 輸入conda info --envs再次查看conda環(huán)境，發(fā)現(xiàn)新增rna-seq，但默認(rèn)環(huán)境依舊為base
4. 輸入conda activate rna-seq激活新的conda環(huán)境，這時默認(rèn)的*就會轉(zhuǎn)移到rna-seq前面，另外在用戶名root前面出現(xiàn)了(rna-seq),接著輸入fastqc，如果出現(xiàn)一大段信息說明可以使用

• 如何卸載一個環(huán)境中的軟件

1. 輸入conda remove -n rna-seq fastqc -y卸載環(huán)境中的某個軟件

2. 輸入conda deactivate卸載環(huán)境中的全部軟件，也就是卸載整個環(huán)境卸載環(huán)境的時候，需要先退出當(dāng)前環(huán)境再刪除

3. 輸入conda remove -n rna-seq --all卸載環(huán)境