conda--“l(fā)inux的應(yīng)用商店”
- conda的作用就相當(dāng)于App store，90%以上的軟件都能搜到，一鍵安裝。日常生信使用小而精的Miniconda即可。
conda和minconda關(guān)系（摘自生信星球）
下載conda-我們用它的精華版--miniconda
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百度搜索“miniconda”（英文網(wǎng)站）→ 查看自己服務(wù)器是多少位的 → 安裝python3.7對(duì)應(yīng)的版本 → 右鍵--復(fù)制下載鏈接
下載miniconda
安裝和配置miniconda
存放軟件目錄
cd biosoft
安裝
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh（sh是腳本）
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
激活conda
source ~/.bashrc
下面添加國(guó)內(nèi)鏡像，一行一行運(yùn)行
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
- 注：Linux的粘貼不是ctrl+c和ctrl+V了，選中，鼠標(biāo)左鍵點(diǎn)一下是復(fù)制，右鍵點(diǎn)一下是粘貼
使用miniconda，也就是查看已安裝的軟件、搜索、安裝、卸載（生信需要的）軟件
- 查看當(dāng)前所有軟件列表
conda list - 搜索軟件
conda search fastqc - 安裝軟件
conda install fastqc -y（默認(rèn)最新版）
conda install fastqc=0.11.7 -y（指定版本號(hào)） - 卸載軟件
conda remove fastqc -y
- 注：加上-y是自動(dòng)安裝
定制conda的某一項(xiàng)目環(huán)境
- 按照不同的項(xiàng)目，定制不同的操作環(huán)境“conda environment”，安裝不同的軟件，互不干擾。
先查看當(dāng)前conda有哪些環(huán)境
conda info --envs(前面帶*的就是默認(rèn)的)如處理轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，建立一個(gè)名叫rnaseq的conda環(huán)境，然后指 定python版本是3，安裝軟件fastqc、trimmomatic（兩個(gè)一步完成）
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
再次查看一下我們的conda環(huán)境
conda info --envs
（默認(rèn)還是base）激活新的conda環(huán)境了
source activate rna-seq
（這時(shí)默認(rèn)的*就會(huì)轉(zhuǎn)移到rna-seq前面，在用戶名root前面出現(xiàn)了 (rna-seq) ）卸載一個(gè)環(huán)境中的軟件
- 卸載某個(gè)軟件
conda remove -n rna-seq fastqc -y - 全部卸載，也就是卸載這個(gè)環(huán)境
conda remove -n rna-seq --all - 注：最后卸載環(huán)境的時(shí)候，需要先退出當(dāng)前環(huán)境，不要把自己刪除
參考和引用：生信星球訓(xùn)練營(yíng)教程
