最簡單最詳細(xì)的SRA數(shù)據(jù)查詢、下載和使用方法

Step1 SRA數(shù)據(jù)查詢

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Step2 數(shù)據(jù)篩選

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Step3 查看或下載數(shù)據(jù)查詢結(jié)果

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Step4 挑選自己想要的數(shù)據(jù)集

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Step5 SRA編號查詢

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Step6 SRA數(shù)據(jù)下載

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wget -c https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos4/sra-pub-zq-1/SRR022/22824/SRR22824348/SRR22824348.lite.1

Step7 SRA數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)為fastq.gz格式

# 單個文件轉(zhuǎn)化
fastq-dump --gzip --split-files SRR22824348.lite.1

# 批量轉(zhuǎn)化
for n in *lite.1 ; do echo $n ; fastq-dump --gzip --split-files $n ; done
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?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請聯(lián)系作者
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