作者，Evil Genius

這一篇我們需要更新一下華大空轉的通訊分析。

思路有兩種，我們先來看第一種，主要來自Stereopy。

最開始需要我們整理數據，整理的格式盡量和visium、xenium一致,至于采用cellbin還是bin模式，推薦cellbin。當然和華大合作的話，華大內部人員有SAW等分析方法，直接可以轉換。

import stereo as st
import warnings
warnings.filterwarnings('ignore')

data_path = 'cellbin.gef'

data = st.io.read_gef(file_path=data_path, bin_type='cell_bins')

adata = st.io.stereo_to_anndata(data, flavor='scanpy', output='output.h5ad')

這樣數據格式完整對接常用的scanpy，squidpy分析，美中不足的是沒有圖片信息。

那么接下來我們討論通訊分析的問題，其中Stereopy給到的策略是cellphoneDB V5的策略。

這里大家先做好細胞注釋

策略就是 分析微環(huán)境+ 微環(huán)境通訊。

###Microenvironment
data.tl.gen_ccc_micro_envs(
            cluster_res_key='celltype',
            res_key='ccc_micro_envs'
            )

####分析通訊
data.tl.cell_cell_communication(
                analysis_type='statistical',
                cluster_res_key='celltype',
                species='HUMAN',
                database='liana',
                micro_envs='ccc_micro_envs',
                res_key='cell_cell_communication'
                )

這里的缺陷是分析完的通訊還需要借助其他的方法進行空間可視化，教程并不完整，例如我們想要下面的圖，就需要自己重新寫腳本可視化。

分析策略幾乎完全嫁接的cellphoneDB V5，鏈接在Documentation — cellphonedb documentation

相比于第一種，我更傾向于第二種策略，直接分析目標細胞類型的鄰域通訊，跟HD的分析目標一致。

這個需要我們需要用到轉換好的adata數據，分析的時候直接將距離關系納入分析。

并且直接空間可視化，包括分泌式和接觸式的配受體信息。

實現的方法如下,就是需要注意空間坐標與實際距離的關系，分析的時候沒有圖片。