作者，Evil Genius

今天我們需要繼續(xù)更新腳本，實現(xiàn)一下的目標(biāo)

對于空間轉(zhuǎn)錄組而言，通訊分析是必須要考慮空間的臨近關(guān)系，這已經(jīng)是科研人員的共識，我們在2025年單細(xì)胞空間系列課程、2024年單細(xì)胞空間系列課程上都多次提到這個問題，也提到了多種分析方案。

那么對于高精度空間轉(zhuǎn)錄組，我們需要聯(lián)合CN與細(xì)胞通訊分析。

整體的分析思路是

1、基礎(chǔ)分析 + 細(xì)胞注釋，放在adata.obs['celltype']下面。

2、分析CN，就是細(xì)胞niche，兩種方法可選 ：一種是指定一定的距離范圍（windows策略）， 一種是指定最近鄰的多少個細(xì)胞（最近鄰策略）。

3、聚類分析：聚類也是可選leiden或者kmeans。

4、聚類后的每個CN分析顯著富集的細(xì)胞類型 ，然后抽取每個CN顯著富集的細(xì)胞類型（細(xì)胞id）進行細(xì)胞通訊分析（推薦cellphoneDB）。

整體分析下來就實現(xiàn)了空間通訊分析。

全流程python腳本