今天給大家分享的是如何使用catRAPID數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)進(jìn)行RNA-蛋白的相互作用預(yù)測(cè)。數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址：http://s.tartaglialab.com/page/catrapid_group，文章出處：catRAPID omics v2.0: going deeper and wider in the prediction of protein-RNA interactions （Nucleic Acids Res ,IF=14.9）
catRAPID數(shù)據(jù)庫(kù)由來(lái)自意大利的 Gian Gaetano Tartaglia開(kāi)發(fā)，catRAPID是一種用于預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)-RNA之間結(jié)合傾向的算法。它基于物理化學(xué)原理，結(jié)合了二級(jí)結(jié)構(gòu)，氫鍵和范德華力等因素，可以非常準(zhǔn)確地估計(jì)蛋白質(zhì)-RNA的相互作用強(qiáng)度。catRAPID包含catRAPID omics ，catRAPID signature，catRAPID interactions with large RNAs等模塊，可以用于不同的場(chǎng)景和需求。下面以catRAPID omics 為例介紹一下這個(gè)模塊的功能和操作步驟。
catRAPID omics v2.0
1）在網(wǎng)站首頁(yè)點(diǎn)擊對(duì)應(yīng)的超鏈接即可進(jìn)入該模塊
2）在這個(gè)界面中，可根據(jù)自己的需求，選擇不同的項(xiàng)目，catRAPID omics v2.1 [protein(s) VS transcriptome]指上傳自己蛋白序列，以尋找與其相互作用的RNA組；catRAPID omics v2.1[transcript(s) VS RNA-binding proteome]指上傳自己的轉(zhuǎn)錄本序列，以尋找與其相互作用的蛋白質(zhì)組；catRAPID omics v2.1 [custom protein set VS custom transcript set]指上傳特定的蛋白序列和轉(zhuǎn)錄本序列，預(yù)測(cè)兩者的相互作用強(qiáng)度。
3）我們以A轉(zhuǎn)錄本為例，尋找其相互作用蛋白組
先設(shè)置一些必要的參數(shù)，包括RNA類(lèi)型，物種
接著上傳mRNA sequence（.fasta結(jié)尾的文件），或者直接粘貼序列于空白處也可，如果不寫(xiě)郵箱，則validate submission之后，提交查詢(xún)即可，點(diǎn)擊results后等待頁(yè)面刷新(需要一段時(shí)間)
4）如圖，結(jié)果主要包括兩部分，第一部分為圖片格式，第二部分為表格格式
protein ID：就是預(yù)測(cè)到的蛋白，點(diǎn)擊會(huì)進(jìn)入到UniProt網(wǎng)站的相應(yīng)蛋白頁(yè)面。
RNA ID：就是我們輸入的RNA，點(diǎn)擊會(huì)顯示該RNA的序列。
Interaction Propensity ：一種蛋白質(zhì)（或區(qū)域）和一個(gè)RNA（或區(qū)域）之間相互作用概率的度量。
Z-score：基于相互作用傾向的平均值和相對(duì)于RNA長(zhǎng)度的西格瑪?shù)膭?dòng)態(tài)Z評(píng)分歸化。
Interaction Matrix：以熱圖的形式顯示預(yù)測(cè)相互作用的蛋白質(zhì)（y軸）和RNA （x軸）區(qū)域。熱圖的紅色陰影表示單個(gè)氨基酸和核苷酸對(duì)的相互作用評(píng)分。
RBP propensity：蛋白質(zhì)結(jié)合RNA傾向的量度。
RNA-Binding Domains：在蛋白質(zhì)序列中發(fā)現(xiàn)的RNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域發(fā)生次數(shù)。
RNA-Binding Motifs：在RNA序列上發(fā)現(xiàn)的RNA結(jié)合基序的實(shí)例。
Conserved Interactions：基于相互作用傾向，對(duì)具有較高RBP傾向的蛋白質(zhì)給予更高的優(yōu)先級(jí)。
Ranking：分?jǐn)?shù)是三個(gè)單獨(dú)值的總和，即catRAPID標(biāo)準(zhǔn)化傾向、RNA/DNA結(jié)合域和無(wú)序區(qū)域的存在以及已知RNA結(jié)合基序的存在。
文獻(xiàn)應(yīng)用一：
題目：THOC3 interacts with YBX1 to promote lung squamous cell carcinoma progression through PFKFB4 mRNA modification
原文內(nèi)容：catRAPID網(wǎng)站預(yù)測(cè)結(jié)果顯示THOC3結(jié)合位點(diǎn)富集在PFKFB4 mRNA的3'UTR區(qū)
圖片：該文章使用的是Interaction Matrix
文獻(xiàn)應(yīng)用二：
題目：ORC1 binds to cis-transcribed RNAs for efficient activation of replication origins
原文內(nèi)容：
圖片：將ORC1 RIP-seq捕獲的RNA分子的序列與ORC1蛋白質(zhì)的序列輸入到catRAPID中，以計(jì)算每對(duì)RNA-蛋白質(zhì)之間的相互作用可能性，此處取的應(yīng)該是z-score，對(duì)照組是polyA- RNA的RIP-seq結(jié)果。
