知識點(diǎn)

• Redox：氧化還原反應(yīng)，在腫瘤的進(jìn)展過程中作用顯著。作者在GSEA中所示redox相關(guān)的通路，發(fā)現(xiàn)GO_CELL_REDOX_HOMEOSTASIS和GO_RESPONSE_TO_REDOX_STATE，共兩個(gè)redox相關(guān)的基因集。
• Redox-Related lncRNAs：Redox相關(guān)的lncRNA，設(shè)置標(biāo)準(zhǔn)：Pearson Correlation Test, |Cor| > 0.5 and p.adj < 0.001.
• DERRlncRNAs：Differentially Expressed Redox-Related lncRNAs (DERRlncRNAs)，差異表達(dá)的lncRNAs, |logFC| > 1 and FDR < 0.05.
• 內(nèi)部驗(yàn)證：作者將TCGA-KIRC病人，按照1:1比例，隨機(jī)分為training和testing組，構(gòu)建預(yù)后模型。

摘要

作者提取差異表達(dá)的氧化還原反應(yīng)相關(guān)的lncRNA，構(gòu)建并內(nèi)部驗(yàn)證預(yù)后模型，并分析不同風(fēng)險(xiǎn)評分的病理特征。

整體思路

亮點(diǎn)

• Redox相關(guān)lncRNA切入點(diǎn)比較新穎

結(jié)果

1.模型構(gòu)建

作者通過差異分析+unicox+lasso+multiCox篩選了9個(gè)redox相關(guān)的lncRNA，在訓(xùn)練集中構(gòu)建預(yù)后模型。

Fig.1

Table 2

模型基因互作關(guān)系

Fig.6

Fig.2

2.模型驗(yàn)證

選用TCGA的內(nèi)部數(shù)據(jù)集進(jìn)行驗(yàn)證

Fig.3

3.模型周邊

3.1 Nomgram+C-index

對構(gòu)建的模型，計(jì)算Nomgram和C-index

Fig.4

3.2 模型GSEA富集分析+臨床相關(guān)性

Fig.5

Fig.7