主要更新內(nèi)容：

• 對GeneID做了防呆處理。
• 對表型數(shù)據(jù)和表達(dá)量數(shù)據(jù)的sample排序做了防呆處理。
• 增加了兩個函數(shù)
  • mergeCutHeight 模塊合并剪枝高度
  • minModuleSize 模塊最小基因數(shù)量

解釋：

• GeneID防呆處理，有些用戶反映說會報表達(dá)量矩陣有空行等錯誤，看過之后發(fā)現(xiàn)大部分都有一個特點，就是geneID是純數(shù)字，要知道，在R里面讀取數(shù)據(jù)read.table時，如果你這一列都是數(shù)字，R會自動的認(rèn)為這一類的數(shù)據(jù)類型是numeric，其實在把表達(dá)量矩陣讀取到R之后，有一步操作是把第一列GeneID變?yōu)樾忻?code>rownames,如果恰好你的geneID是純數(shù)字，而且連續(xù)性較差，會導(dǎo)致rownames的不連續(xù)，r會認(rèn)為跳過的那些行是缺失行，在后續(xù)會報錯。這里的解決方案就是讀取進(jìn)來后把第一列g(shù)eneID的數(shù)據(jù)類型直接轉(zhuǎn)換為字符串character

• 表型數(shù)據(jù)和表達(dá)量數(shù)據(jù)的樣品順序防呆處理：由于習(xí)慣原因，我在之前的項目中首先會把表達(dá)量數(shù)據(jù)和表型數(shù)據(jù)中sample的順序調(diào)整成一致的，然而在我的腳本中并沒有考慮到他們不一致的情況，以至于到后面做trait-module的時候如果你表型和表達(dá)量的順序不一致會出現(xiàn)張冠李戴，這里我加了一樣代碼用match命令將表達(dá)量和表型數(shù)據(jù)的rowname進(jìn)行匹配。這里建議用戶重新做一遍之前的數(shù)據(jù)，防止出錯！！

• 增加兩個參數(shù)：之前在做的時候由于我的模塊太多，于是我把mergeCutHeight調(diào)大了（0.4，官網(wǎng)建議0.25），這個函數(shù)最粗糙的理解就是你把基因做了聚類之后通過對聚類數(shù)高度的修剪把基因劃分到一個個模塊中，如果這個高度越小，劃分的模塊越多，這個高度越大，小模塊就會被合并到一起，從而模塊越少，對比02.xxx.module.pdf。這里把這個參數(shù)放開自己調(diào)整，這樣還有個好處，合并了很多小模塊之后很可能模塊內(nèi)基因的表達(dá)模式也有不同，那么在與性狀做關(guān)聯(lián)的時候可能關(guān)聯(lián)性也比較低。那么是不是把模塊劃分的更加細(xì)致后可能得到比較高的相關(guān)。
  

  Cluster Dendrogram

  minModuleSize這個參數(shù)是確定模塊最小基因數(shù)目的。

  更新方法：

  方法一： 從高速插件商店安裝
  

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  方法二： 從gitee下載安裝
  OneStepWGCNA-plugin點擊鏈接，然后下載。