對(duì)于生信分析，經(jīng)常需要從各種網(wǎng)址下載基因組，小編在此分享一些下載經(jīng)驗(yàn)，
（1）參考文獻(xiàn)：對(duì)于一個(gè)科學(xué)研究者，可以直接找到研究物種已發(fā)表的基因組文獻(xiàn)，一般情況下，文章會(huì)提供基因組及注釋文件的下載鏈接，該下載鏈接是最直接最可靠的；
（2）NGDC：國(guó)家基因組科學(xué)生物中心 search，該網(wǎng)站是國(guó)內(nèi)最大的基因組數(shù)據(jù)庫(kù)，可通過(guò)拉丁文或NGDC版本號(hào)查詢(xún)，該網(wǎng)站除了自己的數(shù)據(jù)庫(kù)，還可以搜索并跳轉(zhuǎn)到NCBI和EBI數(shù)據(jù)庫(kù)，能夠同時(shí)看到三大數(shù)據(jù)庫(kù)的情況，小編建議將此搜索界面收藏，GWH為基因組及注釋?zhuān)珿SA為基因組組裝用到的原始數(shù)據(jù)
（3）NCBI：NCBI是最大相對(duì)最全的基因組下載數(shù)據(jù)庫(kù)，對(duì)于生信從業(yè)者，一般首選該網(wǎng)站NCBI官網(wǎng)，只需要知道物種的拉丁文名或者NCBI的版本號(hào)即可，一般需要同時(shí)有g(shù)enome跟GFF的鏈接才能使用，若沒(méi)有GFF鏈接，表明該版本在NCBI上沒(méi)有注釋文件，我們可以點(diǎn)擊Genome Assemble and Annotation report 查看其它版本，linux系統(tǒng)下載NCBI基因組可參考小編另一篇博客NCBI數(shù)據(jù)下載工具：aspera的安裝與使用
點(diǎn)擊Genome Assemble and Annotation report后可見(jiàn)如下界面，能看到研究物種各種版本基因組，最后邊的G為下載鏈接，注：下載鏈接為ftp格式，谷歌瀏覽器在國(guó)內(nèi)不支持，需要換其它瀏覽器才能打開(kāi)鏈接
（4）EBI：歐洲生物信息研究所EMBL，歐洲的數(shù)據(jù)庫(kù)，該數(shù)據(jù)庫(kù)里的基因組還有基因組注釋在NCBI一般能找的到，小編很少用
（5）JGI phytozome植物基因組數(shù)據(jù)庫(kù)，該網(wǎng)站為植物基因組數(shù)據(jù)庫(kù)，整理的基因組相對(duì)比較規(guī)范，使用起來(lái)比較友好，需要首先注冊(cè)官方賬號(hào)，然后才可下載
（6）ensembl ensembl ftp下載鏈接 ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/，該網(wǎng)站版本不斷更新，可以選擇最新版本進(jìn)行下載，該網(wǎng)站收錄的常用物種基因組，除了ftp，還可以去http里進(jìn)行下載ensembl http下載鏈接，小編沒(méi)弄明白兩個(gè)鏈接有什么不一樣，但是基因組是有差別的，要是一個(gè)鏈接找不著，可以去另一個(gè)鏈接里找
(7)GigaDB BGI華大，華大組裝的基因組，一般都存儲(chǔ)在這里，雖然是國(guó)人數(shù)據(jù)庫(kù)，但該網(wǎng)站響應(yīng)非常慢，小編使用的很少，有興趣可以研究
以下給出一些小類(lèi)別數(shù)據(jù)庫(kù)，持續(xù)更新中。。。
（1）柑橘基因組 該網(wǎng)站可以下載柑橘不同品種的基因組PBD
（2）葫蘆科植物基因組 CuGenDB，包括黃瓜、西瓜、南瓜、甜瓜、葫蘆
（3）棉花基因組 Gossypium New Sequence Data release，提供三種棉花基因組及基因組注釋文件
（4）薔薇科基因組GDR數(shù)據(jù)庫(kù)，包括草莓、蘋(píng)果、桃、梨、玫瑰月季等
（5）番茄馬鈴薯基因組 solgenomics
（6）軟體動(dòng)物MolluscDB
