詳細(xì)先查看：http://www.bio-info-trainee.com/1469.html
http://www.itdecent.cn/p/3e545b9a3c68
https://blog.csdn.net/leadingsci/article/details/82947869
ftp://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/
在UCSC下載hg19參考基因組，群主博客有詳細(xì)說(shuō)明，從gencode數(shù)據(jù)庫(kù)下載基因注釋文件，并且用IGV去查看你感興趣的基因的結(jié)構(gòu)，例如TP53，EGFR等等。
截圖幾個(gè)基因的IGV可視化結(jié)構(gòu)！還可以下載ENSEMBL，NCBI的GTF，也導(dǎo)入IGV看看，截圖基因結(jié)構(gòu)。了解IGV常識(shí)。
首先是NCBI對(duì)應(yīng)UCSC，對(duì)應(yīng)ENSEMBL數(shù)據(jù)庫(kù)：
GRCh36 (hg18): ENSEMBL release_52.
GRCh37 (hg19): ENSEMBL release_59/61/64/68/69/75.
GRCh38 (hg38):?ENSEMBL? release_76/77/78/80/81/82.
可以看到ENSEMBL的版本特別復(fù)雜?。?！很容易搞混！
但是UCSC的版本就簡(jiǎn)單了，就hg18,19,38, 常用的是hg19，但是我推薦大家都轉(zhuǎn)為hg38
看起來(lái)NCBI也是很簡(jiǎn)單，就GRCh36,37,38，但是里面水也很深！
可以看到，有37.1,?? 37.2，? 37.3 等等，不過(guò)這種版本一般指的是注釋在更新，基因組序列一般不會(huì)更新?。?！
反正你記住hg19基因組大小是3G，壓縮后八九百兆即可！??！
如果要下載GTF注釋文件，基因組版本尤為重要！??！
對(duì)NCBI：ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/H_sapiens/GFF/????????? ##最新版（hg38）
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Homo_sapiens/ARCHIVE/??? ## 其它版本
對(duì)于ensembl：
ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-75/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh37.75.gtf.gz
變幻中間的release就可以拿到所有版本信息：ftp://ftp.ensembl.org/pub/
對(duì)于UCSC，那就有點(diǎn)麻煩了：
需要選擇一系列參數(shù)：
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables
1. Navigate tohttp://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables
2. Select the following options:
clade: Mammal
genome: Human
assembly: Feb. 2009 (GRCh37/hg19)
group: Genes and Gene Predictions
track: UCSC Genes
table: knownGene
region: Select "genome" for the entire genome.
output format: GTF - gene transfer format
output file: enter a file name to save your results to a file, or leave blank to display results in the browser
3. Click 'get output'.
?現(xiàn)在重點(diǎn)來(lái)了，搞清楚版本關(guān)系了，就要下載呀！
UCSC里面下載非常方便，只需要根據(jù)基因組簡(jiǎn)稱(chēng)來(lái)拼接url即可：
http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/bigZips/chromFa.tar.gz
http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm9/bigZips/chromFa.tar.gz
http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz
http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/chromFa.tar.gz
或者用shell腳本指定下載的染色體號(hào)：
for i in $(seq 1 22) X Y M;
do echo $i;
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr${i}.fa.gz;
## 這里也可以用NCBI的：ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/M_musculus/ARCHIVE/MGSCv3_Release3/Assembled_Chromosomes/chr前綴
done
gunzip *.gz
for i in $(seq 1 22) X Y M;
do cat chr${i}.fa >> hg19.fasta;
done
rm -fr chr*.fasta
