之前使用gblocks裁剪比對序列，感覺裁剪的不是很智能，大量可能有用的序列被裁剪掉，所以嘗試使用trimal。

1.下載安裝

在自己目錄下輸入

git clone https://github.com/scapella/trimal.git # 安裝trimal

導(dǎo)入trimal安裝包（如果服務(wù)器連不上網(wǎng)也可以在這個(gè)網(wǎng)站下載安裝包導(dǎo)入服務(wù)器）
然后unzip解壓安裝包之后編譯軟件

cd trimal/source
make

使用

trimal常用命令如下：

 trimal -in example1 -out output1 -automated1

-in <inputfile>多種格式的輸入文件（clustal，fasta，NBRF / PIR，nexus，phylip3.2，phylip）。
-compareset <inputfile>包含要比較的路線的文件的路徑輸入列表。
-matrix <inpufile>用戶定義的相似性矩陣的輸入文件（默認(rèn)為Blosum62）。

-out <outputfile>以相同輸入格式輸出對齊（默認(rèn)標(biāo)準(zhǔn)輸出）。（默認(rèn)輸入格式）
-htmlout <outputfile>獲取trimal在HTML文件中工作的摘要。

-CUSTAL格式的-clustal輸出文件
-fasta FASTA格式的輸出文件
-nbrf NBRF / PIR格式的輸出文件
-nexus NEXUS格式的輸出文件
-mega MEGA格式的輸出文件
-phylip3.2 PHYLIP3.2格式的輸出文件
-phylip PHYLIP / PHYLIP4格式的輸出文件

互補(bǔ)獲得互補(bǔ)對齊。
-colnumbering獲取舊對齊和新對齊中列之間的關(guān)系。

-select {n，l，mk}選擇要從對齊中刪除的列。（請參閱用戶指南）。
-gt -gapthreshold <n> 1 - （允許間隙的序列的分?jǐn)?shù)）。
-st -simthreshold <n>允許的最小平均相似度。
-ct -conthreshold <n>允許的最小一致性值。
-cons <n>保留原始路線中位置的最小百分比。

-nogaps刪除對齊中有間隙的所有位置。
-noallgaps刪除僅由間隙組成的列。

-gappyout在“gappyout”模式下使用自動選擇。該方法僅使用基于間隙分布的信息。（請參閱用戶指南）。
-strict在“嚴(yán)格”模式下使用自動選擇。（請參閱用戶指南）。
-strictplus在“strictplus”模式下使用自動選擇。（請參閱用戶指南）。

-automated1使用基于相似性統(tǒng)計(jì)的自動方法的啟發(fā)式選擇。（請參閱用戶指南）。

-resoverlap位置與列中其他位置的最小重疊被視為“好位置”。（請參閱用戶指南）。
-seqoverlap序列必須具有的“良好位置”的最小百分比才能被保存。（請參閱用戶指南）。

-w <n>（一半）窗口大小，位置i的得分是窗口（i-n）到（i + n）的平均值。
-gw <n>（half）窗口大小僅適用于基于Gaps的統(tǒng)計(jì)/方法。
-sw <n>（half）窗口大小僅適用于基于相似性的統(tǒng)計(jì)/方法。
-cw <n>（half）窗口大小僅適用于基于Consistency的統(tǒng)計(jì)信息/方法。

-sgc打印輸入對齊中列的間隙百分比計(jì)數(shù)。
-sgt打印累積的間隙百分比計(jì)數(shù)。
-scc輸入對齊中列的保留值。
-sct打印累計(jì)保護(hù)值計(jì)數(shù)。
-sfc從比較文件方法打印所選對齊中列的比較值。
-sft從比較文件方法打印所選對齊的累計(jì)比較值計(jì)數(shù)