本篇推文是GBD相關(guān)的第11篇推文。

接著上一節(jié)的推文，joinpoint回歸分析需要打開軟件進(jìn)行操作，需要回來(lái)操作，顯得比較麻煩。今天我們介紹如何直接用R調(diào)用joinpoint軟件進(jìn)行操作。

首先，我們需要進(jìn)入官網(wǎng)（https://surveillance.cancer.gov/joinpoint/callable/）下載joinpoint的command-line文件，相對(duì)于桌面軟件來(lái)說(shuō)，申請(qǐng)比較復(fù)雜，個(gè)人用戶需要下載好協(xié)議簽好字發(fā)到對(duì)應(yīng)的郵箱即可，下載好如下程序，點(diǎn)擊安裝就好。

安裝好后，我們進(jìn)入到安裝目錄下，將后面的中間exe文件復(fù)制到我們的目錄下,我們需要在下方R文件的基礎(chǔ)上修改代碼，大家可以打開了解下

我們打開R的文件夾，需要將下圖標(biāo)注的配置文件復(fù)制到我們的目錄下。

這里，我推薦用notepad++打開配置程序看，我們首先看下第一個(gè)配置文件

這里一個(gè)個(gè)文字其實(shí)就代表操作軟件的按鈕，上述文件是配置和輸出格式設(shè)置，這里只展示了部分變量，具體所有的變量，大家可以打開ReadMe.txt這個(gè)文件可以找到所有的配置形式，如果不寫就是系統(tǒng)默認(rèn)的設(shè)定

第二個(gè)配置文件案例

了解之后，我們對(duì)配置文件進(jìn)行相應(yīng)的修改

最后，我們配置好的兩個(gè)運(yùn)行文件

第一個(gè)配置文件GBD.JPOptions.ini內(nèi)容設(shè)置如下：

第二個(gè)配置文件GBD.Created.Session.ini設(shè)置如下：

我們首先安裝configr軟件包，以食管癌發(fā)病率為例，我們讀取數(shù)據(jù)

同樣的，由于joinpoint需要發(fā)病率以及標(biāo)準(zhǔn)誤數(shù)據(jù)，因此我們需要得到標(biāo)準(zhǔn)誤數(shù)據(jù)，我們根據(jù)可信區(qū)間的定義公式95%UI=mean+/-1.96*standard error，因此standard error= (up-lower)/(1.96*2)，而且joinpoint軟件要求年份按照升序排列，且一個(gè)組放在一起，因此我們計(jì)算出standard error后對(duì)EAPC數(shù)據(jù)location，year進(jìn)行升序排列，并輸出結(jié)果。

此外，和joinpoint軟件操作不同的是：按照command line提供的示例版本，輸入文件是不能有變量名稱（可能不一定準(zhǔn)確，因?yàn)槲乙呀?jīng)試過(guò)很多次，調(diào)整過(guò)很多次配置文件，均提示運(yùn)行錯(cuò)誤，如果有讀者可以試出來(lái)，我們可以交流下~），因此輸出文件中我們?nèi)コ忻土忻?，代碼如下：

我們打開輸出文件看下

提供給大家是配置好的兩個(gè)文件是用來(lái)計(jì)算GBD的AAPC結(jié)果，基本上不需要進(jìn)行修改，針對(duì)不同的輸入文件（本次推文是食管癌發(fā)病率），我們只需要在R語(yǔ)言中針對(duì)兩個(gè)配置文件就行修改，或者進(jìn)行其他修改，代碼如下：

我們已經(jīng)配置好joinpoint的兩個(gè)配置文件，接下來(lái)我們需要在R中直接生成joinpoint的運(yùn)行文件，代碼如下：

我們可以打開這個(gè)運(yùn)行文件看下：

主要是各個(gè)輸入文件和輸出文件的具體路徑

最后，完萬(wàn)事具備，我們運(yùn)行代碼

運(yùn)行結(jié)束后出現(xiàn)這樣一段提示，代表運(yùn)行成功，沒(méi)有錯(cuò)誤

最后我們看下生成的文件

主要用到第3個(gè)文件，我們打開這個(gè)文件看下

我們可以看到AAPC以及其可信區(qū)間，接著我們讀取數(shù)據(jù)，只獲取full range下的AAPC，后面我們按照第三篇推文里的方法整理好1990與2019年的食管發(fā)病數(shù)以及標(biāo)準(zhǔn)發(fā)病率后整合數(shù)據(jù)就可以制作出Table1的數(shù)據(jù)結(jié)果。