blast的結果

做出來了誒O(∩_∩)O哈哈~ 有點小開心(*^▽^*)

conda裝的blast做不出來，還不知道是什么原因。重新在自己家里裝的blast運行沒問題。

建庫部分：遇到了一些關于grep、sed、awk還有for循環(huán)的問題，再開一篇記錄吧。還有fa的格式問題。然后就是，原來blast是可以多對多比對的，那就可以一次性做批量處理了~

#建庫

/home/hmguang/biosoft/blast/blast/ncbi-blast-2.9.0+/bin/makeblastdb -in refdata.fasta -dbtype nucl

#比對

/home/hmguang/biosoft/blast_project/blast/ncbi-blast-2.9.0+/bin/blastn -query testseq -out result.txt -db refdata.fasta -evalue 1e-5

結果：

BLASTN 2.9.0+

Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb

Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J

Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.

Database: refdata.fasta

? ? ? ? ? 16 sequences; 411,130 total letters

Query= YW607_F06

Length=524

? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Score? ? ? ? E

Sequences producing significant alignments:? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? (Bits)? ? Value

NC_000017.11:4932277-4935023Homosapienschromosome17_GP1BA,GRCh38....? 350? ? ? ? 8e-98

NC_000017.11:4932277-4935023Homosapienschromosome17_GP1BA_core,GR...? 350? ? ? ? 8e-98

>NC_000017.11:4932277-4935023Homosapienschromosome17_GP1BA,GRCh38.p13PrimaryAssembly

Length=2747

Score = 350 bits (189),? Expect = 8e-98

Identities = 194/197 (98%), Gaps = 0/197 (0%)

Strand=Plus/Minus

Query? 1? ? TACAGCGAGTTCTCTTGGAGGAGAAGGGTGTCGAGATTCTCCAGCCCATTCAGGAGCCCA? 60

? ? ? ? ? ? ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Sbjct? 930? TACAGCGAGTTCTCTTGGAGGAGAAGGGTGTCGAGATTCTCCAGCCCATTCAGGAGCCCA? 871

Query? 61? GCGGGGAGCTCAGTCAAGTTGTTGTTAGCCAGACTGAGCTTCTCCAGCTTGGGTGTGGGC? 120

? ? ? ? ? ? ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Sbjct? 870? GCGGGGAGCTCAGTCAAGTTGTTGTTAGCCAGACTGAGCTTCTCCAGCTTGGGTGTGGGC? 811

Query? 121? GTCAGGAGCCCTGGGGGCAGGGTCTTCAGCTCATTGCCTTTCAGGTAGAGCTCTTGGAGT? 180

? ? ? ? ? ? ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Sbjct? 810? GTCAGGAGCCCTGGGGGCAGGGTCTTCAGCTCATTGCCTTTCAGGTAGAGCTCTTGGAGT? 751

Query? 181? TCGCMAGTACCACGCAG? 197

? ? ? ? ? ? |||| |? |||||||||

Sbjct? 750? TCGCCAAGACCACGCAG? 734

>NC_000017.11:4932277-4935023Homosapienschromosome17_GP1BA_core,GRCh38.p13PrimaryAssembly

Length=357

Score = 350 bits (189),? Expect = 8e-98

Identities = 194/197 (98%), Gaps = 0/197 (0%)

Strand=Plus/Minus

Query? 1? ? TACAGCGAGTTCTCTTGGAGGAGAAGGGTGTCGAGATTCTCCAGCCCATTCAGGAGCCCA? 60

? ? ? ? ? ? ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Sbjct? 295? TACAGCGAGTTCTCTTGGAGGAGAAGGGTGTCGAGATTCTCCAGCCCATTCAGGAGCCCA? 236

Query? 61? GCGGGGAGCTCAGTCAAGTTGTTGTTAGCCAGACTGAGCTTCTCCAGCTTGGGTGTGGGC? 120

? ? ? ? ? ? ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Sbjct? 235? GCGGGGAGCTCAGTCAAGTTGTTGTTAGCCAGACTGAGCTTCTCCAGCTTGGGTGTGGGC? 176

Query? 121? GTCAGGAGCCCTGGGGGCAGGGTCTTCAGCTCATTGCCTTTCAGGTAGAGCTCTTGGAGT? 180

? ? ? ? ? ? ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Sbjct? 175? GTCAGGAGCCCTGGGGGCAGGGTCTTCAGCTCATTGCCTTTCAGGTAGAGCTCTTGGAGT? 116

Query? 181? TCGCMAGTACCACGCAG? 197

? ? ? ? ? ? |||| |? |||||||||

Sbjct? 115? TCGCCAAGACCACGCAG? 99

Lambda? ? ? K? ? ? ? H

? ? 1.37? ? 0.632? ? 1.16

Gapped

Lambda? ? ? K? ? ? ? H

? ? 1.28? ? 0.460? ? 0.850

Effective search space used: 207467130

Query= YW614_E07

Length=284

? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Score? ? ? ? E

Sequences producing significant alignments:? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? (Bits)? ? Value

NC_000005.10:52989326-53094779Homosapienschromosome5_ITGA2,GRCh38...? 291? ? ? ? 3e-80

NC_000005.10:52989326-53094779Homosapienschromosome5_ITGA2_4core,...? 291? ? ? ? 3e-80

>NC_000005.10:52989326-53094779Homosapienschromosome5_ITGA2,GRCh38.p13PrimaryAssembly

Length=105454

Score = 291 bits (157),? Expect = 3e-80

Identities = 161/164 (98%), Gaps = 0/164 (0%)

Strand=Plus/Plus

Query? 1? ? ? TTGTCAGCAACCAAAACAAAARGTTAACATTTTCAGTAACGCTGAAAAATAAAAGGGAAA? 60

? ? ? ? ? ? ? ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Sbjct? 83807? TTGTCAGCAACCAAAACAAAAGGTTAACATTTTCAGTAACGCTGAAAAATAAAAGGGAAA? 83866

Query? 61? ? GTGCATACAACACTGGAATTGTTGTTGATTTTTCAGAAAACTTGTTTTTTGCATCATTCT? 120

? ? ? ? ? ? ? ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Sbjct? 83867? GTGCATACAACACTGGAATTGTTGTTGATTTTTCAGAAAACTTGTTTTTTGCATCATTCT? 83926

Query? 121? ? CCCTGCCGGTATGTGATGAGACCCTGTACTTAYGTCCACCATGC? 164

? ? ? ? ? ? ? ||||||||||||||||||||||||||||||||? ||||||||||

Sbjct? 83927? CCCTGCCGGTATGTGATGAGACCCTGTACTTACTTCCACCATGC? 83970

>NC_000005.10:52989326-53094779Homosapienschromosome5_ITGA2_4core,GRCh38.p13PrimaryAssembly

Length=1671

Score = 291 bits (157),? Expect = 3e-80

Identities = 161/164 (98%), Gaps = 0/164 (0%)

Strand=Plus/Plus

Query? 1? ? TTGTCAGCAACCAAAACAAAARGTTAACATTTTCAGTAACGCTGAAAAATAAAAGGGAAA? 60

? ? ? ? ? ? ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Sbjct? 1022? TTGTCAGCAACCAAAACAAAAGGTTAACATTTTCAGTAACGCTGAAAAATAAAAGGGAAA? 1081

Query? 61? ? GTGCATACAACACTGGAATTGTTGTTGATTTTTCAGAAAACTTGTTTTTTGCATCATTCT? 120

? ? ? ? ? ? ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Sbjct? 1082? GTGCATACAACACTGGAATTGTTGTTGATTTTTCAGAAAACTTGTTTTTTGCATCATTCT? 1141

Query? 121? CCCTGCCGGTATGTGATGAGACCCTGTACTTAYGTCCACCATGC? 164

? ? ? ? ? ? ||||||||||||||||||||||||||||||||? ||||||||||

Sbjct? 1142? CCCTGCCGGTATGTGATGAGACCCTGTACTTACTTCCACCATGC? 1185

Lambda? ? ? K? ? ? ? H

? ? 1.42? ? 0.646? ? 1.21

Gapped

Lambda? ? ? K? ? ? ? H

? ? 1.28? ? 0.460? ? 0.850

Effective search space used: 109283972

Query= YW621_D08

Length=266

? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Score? ? ? ? E

Sequences producing significant alignments:? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? (Bits)? ? Value

NC_000017.11:c44389649-44372181Homosapienschromosome17_ITGA2B_7co...? 329? ? ? ? 5e-92

NC_000017.11:c44389649-44372181Homosapienschromosome17_ITGA2B_7co...? 329? ? ? ? 5e-92

>NC_000017.11:c44389649-44372181Homosapienschromosome17_ITGA2B_7core,GRCh38.p13PrimaryAssembly

Length=17469

Score = 329 bits (178),? Expect = 5e-92

Identities = 179/180 (99%), Gaps = 0/180 (0%)

Strand=Plus/Minus

Query? 1? ? GCCTTTCTKAGGTCCCAGATCCTTTAAGGCCCATGCCCTCTGCCTCCTCACCAGCTCACG? 60

? ? ? ? ? ? |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Sbjct? 9315? GCCTTTCTGAGGTCCCAGATCCTTTAAGGCCCATGCCCTCTGCCTCCTCACCAGCTCACG? 9256

Query? 61? ? GGTGTCTTGGTCTGAGGTAGGACACAGCTCTTCACAGCAGGATTCAGTGAATCTTGCACC? 120

? ? ? ? ? ? ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Sbjct? 9255? GGTGTCTTGGTCTGAGGTAGGACACAGCTCTTCACAGCAGGATTCAGTGAATCTTGCACC? 9196

Query? 121? AGTAGCTGGACAGAGGCCTTCACCACTGGCTGAGCTCTGATGGGATAGGGTGATGGGGTA? 180

? ? ? ? ? ? ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Sbjct? 9195? AGTAGCTGGACAGAGGCCTTCACCACTGGCTGAGCTCTGATGGGATAGGGTGATGGGGTA? 9136

>NC_000017.11:c44389649-44372181Homosapienschromosome17_ITGA2B_7core,GRCh38.p13PrimaryAssembly

Length=1773

Score = 329 bits (178),? Expect = 5e-92

Identities = 179/180 (99%), Gaps = 0/180 (0%)

Strand=Plus/Minus

Query? 1? ? GCCTTTCTKAGGTCCCAGATCCTTTAAGGCCCATGCCCTCTGCCTCCTCACCAGCTCACG? 60

? ? ? ? ? ? |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Sbjct? 632? GCCTTTCTGAGGTCCCAGATCCTTTAAGGCCCATGCCCTCTGCCTCCTCACCAGCTCACG? 573

Query? 61? GGTGTCTTGGTCTGAGGTAGGACACAGCTCTTCACAGCAGGATTCAGTGAATCTTGCACC? 120

? ? ? ? ? ? ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Sbjct? 572? GGTGTCTTGGTCTGAGGTAGGACACAGCTCTTCACAGCAGGATTCAGTGAATCTTGCACC? 513

Query? 121? AGTAGCTGGACAGAGGCCTTCACCACTGGCTGAGCTCTGATGGGATAGGGTGATGGGGTA? 180

? ? ? ? ? ? ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Sbjct? 512? AGTAGCTGGACAGAGGCCTTCACCACTGGCTGAGCTCTGATGGGATAGGGTGATGGGGTA? 453

Lambda? ? ? K? ? ? ? H

? ? 1.36? ? 0.630? ? 1.15

Gapped

Lambda? ? ? K? ? ? ? H

? ? 1.28? ? 0.460? ? 0.850

Effective search space used: 101888816

Query= YW665_C09

Length=307

? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Score? ? ? ? E

Sequences producing significant alignments:? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? (Bits)? ? Value

NC_000007.14:80602207-80679277Homosapienschromosome7_CD36,GRCh38....? 416? ? ? ? 5e-118

NC_000007.14:80602207-80679277Homosapienschromosome7_CD36_core,GR...? 416? ? ? ? 5e-118

>NC_000007.14:80602207-80679277Homosapienschromosome7_CD36,GRCh38.p13PrimaryAssembly

Length=77071

Score = 416 bits (225),? Expect = 5e-118

Identities = 228/229 (99%), Gaps = 1/229 (0%)

Strand=Plus/Plus

Query? 1? ? ? TAGGTCAATCTATGCTGTATTTGAATCCGACGTTAATCTGAAAGGAATCCCTGTGTATAG? 60

? ? ? ? ? ? ? ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Sbjct? 68768? TAGGTCAATCTATGCTGTATTTGAATCCGACGTTAATCTGAAAGGAATCCCTGTGTATAG? 68827

Query? 61? ? ATTTGTTCTTCCATCCAAGGCCTTTGCCTCTCCAGTTGAAAACCCAGACAACTATTGTTT? 120

? ? ? ? ? ? ? ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Sbjct? 68828? ATTTGTTCTTCCATCCAAGGCCTTTGCCTCTCCAGTTGAAAACCCAGACAACTATTGTTT? 68887

Query? 121? ? CTGCACAGAAAAAATTATCTCAAAAAATTGTACATCATATGGTGTGCTAGACATCAGCAA? 180

? ? ? ? ? ? ? ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Sbjct? 68888? CTGCACAGAAAAAATTATCTCAAAAAATTGTACATCATATGGTGTGCTAGACATCAGCAA? 68947

Query? 181? ? ATGCAAAGAAGGTGAGTAAATAACCTCAGTAGCACAG-CCATACCATAA? 228

? ? ? ? ? ? ? ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||

Sbjct? 68948? ATGCAAAGAAGGTGAGTAAATAACCTCAGTAGCACAGTCCATACCATAA? 68996

>NC_000007.14:80602207-80679277Homosapienschromosome7_CD36_core,GRCh38.p13PrimaryAssembly

Length=1580

Score = 416 bits (225),? Expect = 5e-118

Identities = 228/229 (99%), Gaps = 1/229 (0%)

Strand=Plus/Plus

Query? 1? ? TAGGTCAATCTATGCTGTATTTGAATCCGACGTTAATCTGAAAGGAATCCCTGTGTATAG? 60

? ? ? ? ? ? ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Sbjct? 865? TAGGTCAATCTATGCTGTATTTGAATCCGACGTTAATCTGAAAGGAATCCCTGTGTATAG? 924

Query? 61? ? ATTTGTTCTTCCATCCAAGGCCTTTGCCTCTCCAGTTGAAAACCCAGACAACTATTGTTT? 120

? ? ? ? ? ? ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Sbjct? 925? ATTTGTTCTTCCATCCAAGGCCTTTGCCTCTCCAGTTGAAAACCCAGACAACTATTGTTT? 984

Query? 121? CTGCACAGAAAAAATTATCTCAAAAAATTGTACATCATATGGTGTGCTAGACATCAGCAA? 180

? ? ? ? ? ? ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Sbjct? 985? CTGCACAGAAAAAATTATCTCAAAAAATTGTACATCATATGGTGTGCTAGACATCAGCAA? 1044

Query? 181? ATGCAAAGAAGGTGAGTAAATAACCTCAGTAGCACAG-CCATACCATAA? 228

? ? ? ? ? ? ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||

Sbjct? 1045? ATGCAAAGAAGGTGAGTAAATAACCTCAGTAGCACAGTCCATACCATAA? 1093

Lambda? ? ? K? ? ? ? H

? ? 1.35? ? 0.626? ? 1.14

Gapped

Lambda? ? ? K? ? ? ? H

? ? 1.28? ? 0.460? ? 0.850

Effective search space used: 118733338

? Database: refdata.fasta

? ? Posted date:? Nov 12, 2019? 3:50 PM

? Number of letters in database: 411,130

? Number of sequences in database:? 16

Matrix: blastn matrix 1 -2

Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5

最后編輯于 ：
?著作權歸作者所有,轉載或內(nèi)容合作請聯(lián)系作者
【社區(qū)內(nèi)容提示】社區(qū)部分內(nèi)容疑似由AI輔助生成，瀏覽時請結合常識與多方信息審慎甄別。
平臺聲明：文章內(nèi)容（如有圖片或視頻亦包括在內(nèi)）由作者上傳并發(fā)布，文章內(nèi)容僅代表作者本人觀點，簡書系信息發(fā)布平臺，僅提供信息存儲服務。

相關閱讀更多精彩內(nèi)容

  • 姓名:王紫圣 學號:16130140355 轉載自:物聯(lián)網(wǎng)智庫 來源：百度百家 物聯(lián)網(wǎng)智庫 【嵌牛導讀】本文列...
    Paparuazi灬閱讀 549評論 0贊 0
  • 在這座小城里，一個已婚的女人似乎很難像我這么閑的。閑著，自然招來一些風言風語。我心里有些在意，卻裝著不以為然...
    靜夢辰光閱讀 236評論 0贊 1
  • 自己每天都會按治療單來工作，只有單會告訴自己什么時候該干什么，做了之后就在一旁簽名簽時間，之后就是把需要的記錄下來...
    舟力良閱讀 121評論 0贊 0
  • HUD與吐司 MBProgressHUD - 最多人用的loading。 EBuyCommon - 1.基于M...
    1ace156a39cd閱讀 6,530評論 1贊 8

友情鏈接更多精彩內(nèi)容