導讀 用MUMmer，做比較基因組，比對完后用mummerplot做可視化踩了三個坑。MUMmer軟件包中五個常用的程序：mummer, nuc...
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基因組共線用MUMmer
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「基因組學」使用CAFE進行基因家族擴張收縮分析環(huán)境準備 安裝軟件: 參考「基因組學」使用OrthoFinder進行直系同源基因分析 安裝OrthoFinder，然后再安裝CAFE 數(shù)據(jù)準備...
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基因家族的收縮與擴張 與 物種分歧時間的估計
0.軟件的安裝略1.物種樹的構建參見 http://www.itdecent.cn/p/336b65ca1b67[https://www.ji...
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八行代碼搞定內(nèi)參基因篩選-R版本的NormFinder寫在前面 碩士畢業(yè)做的大豆內(nèi)參基因的篩選，當時用了geNorm, NormFinder和BestKeeper三個軟件，geNorm 不需要多說，...
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內(nèi)參基因篩選在線版GeNorm和NormFinder工具發(fā)布作者：ahworld鏈接：內(nèi)參基因篩選在線版GeNorm和NormFinder工具發(fā)布[https://mp.weixin.qq.com/s/K...
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R語言：gggenes在基因組中畫基因箭頭圖導讀 gggenes: Draw Gene Arrow Maps in 'ggplot2'。 Github：gggens[https://git...
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R語言gggenes包，基因組箭頭圖R語言gggenes包，基因組箭頭圖
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跟著Nature Genetics學畫圖：R語言ggbio包畫基因結構圖論文是 Pan-genome analysis highlights the extent of genomic variation in cu...
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我的掙扎 與 TBtools 的開發(fā)到底還是寫了一篇推文，卻著實想不到一個合適的題目?？赡苓@是我寫過最長的一篇推文，約莫萬字。這篇推文的主要內(nèi)容應該包括： TBtools 開發(fā)為了...
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實用 | 優(yōu)雅地提取部分基因結構注釋信息寫在前面 很久很久以前，我就已經(jīng)寫過 GFF3/GTF 注釋信息的部分提取功能。每一個GXF文件，往往包含的兩萬個左右基因（數(shù)萬個轉(zhuǎn)錄本）的外顯...
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