1.針對大基因組，缺乏高效、輕便的甲基化差異分析工具

methylKit（超內(nèi)存，只能跑同數(shù)量較少的CG類型差異分析，手動(dòng)設(shè)置步長，非自主確定DMR區(qū)間）

DSS（超內(nèi)存，最垃圾，拆分成單條染色體跑差異分析都崩，截取500kb，可以跑通，證明腳本沒問題）

HOME（最快，偶爾超內(nèi)存，但是只能鑒定DMR，不能鑒定DMC）

BatMeth2（慢，單線程，對CHH差異甲基化分析會超內(nèi)存跑崩，但是可以通過拆分染色體解決，不影響最終鑒定結(jié)果）

2.各軟件差異鑒定結(jié)果差異巨大（基于以上四個(gè)軟件）