ChIP-seq之fastp質(zhì)控+過(guò)濾

100天生信-Day9

所有高通量測(cè)序的下機(jī)數(shù)據(jù)一般都要進(jìn)行質(zhì)控，檢測(cè)數(shù)據(jù)質(zhì)量，并去除低質(zhì)量reads。
之前比較常用的是fastQC質(zhì)控 + cutadapt去接頭 + Trimmomatic；
今天使用一款非常簡(jiǎn)單的軟件：fastp，優(yōu)點(diǎn)是極為簡(jiǎn)單，又可以使用多線程，特別快速。

## i/I 和 o/O參數(shù)分別代表雙端數(shù)據(jù)的輸入和輸出；
## -w 參數(shù)代表使用線程
fastp -i Ta_Input_1.fq.gz -I Ta_Input_2.fq.gz 
\ -o Ta_Input_1_filter.fq.gz -O Ta_Input_2_filter.fq.gz 
\ -w 4 
\ > fastp_input.log 2>&1 &
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