2019APT(011)-002 利用Q-PCR測(cè)試Tm檢測(cè)小分子aptamer的親和力
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推薦語(yǔ)：簡(jiǎn)單的方法。特別適合小分子aptamer的批量鑒定。我們?cè)囘^(guò)，后來(lái)放棄了，小伙伴做的重復(fù)性不大好。這篇文章的數(shù)據(jù)看起來(lái)不錯(cuò)。推薦嘗試，只需要Q-PCR儀器即可。
一、內(nèi)容簡(jiǎn)介：
原理，小分子與aptamer結(jié)合之后，會(huì)穩(wěn)定aptamer的結(jié)構(gòu)，從而導(dǎo)致Tm值升高。
文章測(cè)試了乙醇胺aptamer與乙醇胺在不同濃度下結(jié)合后，Tm值得變化。文章顯示Tm值相差超過(guò)12度。
實(shí)驗(yàn)方法：2.2.3. PCR protocolThe PCR machine (LightCycler 480, Roche) was set to heat first?till 99 C (rate 4.4 C/Sec) followed by holding for 5 min to ensure?the complete denaturing of any DNA base pairings. Then, the?fluorescence was measured from 95 C to 20C with the SYBR Green filter (465 nm excitation and 510 nm emission) and a rate of 0.11 C/Sec.
評(píng)論：這個(gè)方法我們也曾嘗試過(guò)，但是實(shí)驗(yàn)結(jié)果重復(fù)性不是太好，小伙伴做了一段時(shí)間放棄了。而且儀器也是相同的。不知道是操作問(wèn)題，還是我們篩選的aptamre不適合這種方法。
二、關(guān)鍵詞：應(yīng)用 ?Q-PCR Tm ?親和力
三、文獻(xiàn)信息：
1????Mahmoud,?M.,?Laufer,?S.?&?Deigner,?H.?P.?An?aptamer?based?thermofluorimetric?assay?for?ethanolamine.Biochimie,?doi:10.1016/j.biochi.2019.01.014?(2019).
四、原文鏈接
https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0300-9084(19)30022-7
【討論】
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羅昭鋒
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