1、簡單箱線圖
示例數(shù)據(jù)：本人自編，僅供軟件學習練習使用。假設對一個試驗對象進行兩個指標的測定，指標1重復測定20次，指標2重復測定15次。數(shù)據(jù)如下。
打開GraphPad9.0，在左側欄New table&graph選擇Column，在Data table中選擇Enter or import data into a new table創(chuàng)建新的工作表，下面的Options選擇Enter replicate values，stacked into columns，完成后點擊右下角的Create。錄入數(shù)據(jù)。重命名數(shù)據(jù)表文檔名為簡單箱線圖。
在軟件左側欄導航欄Graphs中點擊簡單箱線圖，軟件主界面會自動跳出圖形類型選擇框。
選擇Box and violin。下面有供選擇的圖形展示類型，可自行選擇。這里我選擇第2種，帶誤差線的箱線圖。Plot選擇了line at median。選好后點擊ok。這樣簡單箱線圖就做好了。
雙擊圖形，跳出參數(shù)設置界面，逐一對圖坐標，圖形邊框線條粗細等進行調(diào)整。若想繪制點和箱圖共存圖，可以在Style選項卡中的Whiskers中選擇Min to Max. Show all points。也可依次對箱體顏色進行設置。
點擊導航欄Data Tables中簡單箱線圖，調(diào)出數(shù)據(jù)表，再點擊Analyze，在column analyses下選擇t tests。因為這里我的示例數(shù)據(jù)是2組，因此要比較2組的差異，應選用t test。選擇參數(shù)，因為是非配對差異比較，因此選擇unpaired，符合高斯分布，選擇use parameter test，假設方差齊性，因此選擇Unpaired t test，Assume both populations have the same SD。
分析結果報告如下：
點擊圖形，再點擊軟件上方操作欄Draw下添加顯著性標注按鈕，在下拉菜單中有自動添加按鈕Atomically add pairwise comparisons。
接著可以對圖形進行進一步的美化。
2、分組箱線圖
示例數(shù)據(jù)：為本人自編，僅供軟件學習實例操作使用。2個nitrogen水平記為N1和N2，4個玉米品種（maize variety），分別記為M1、M2、M3、M4，指標index測定3次重復，分別記為index1、index2、index3?？稍贓xcel中整理數(shù)據(jù)如下。
打開Graphpad 軟件，進入數(shù)據(jù)表選擇界面，選擇Grouped，Data Tables選擇Enter or import data into a new table，Options選擇Enter 3 repeate values in side-by-side subcolumns，表示重復測定的3個值錄入子列中。
數(shù)據(jù)錄入如下：
返回導航欄點擊Graphs下分組箱線圖?；緢D成形。雙擊圖形，跳出參數(shù)設置界面，進行參數(shù)設置，美化圖形。
返回數(shù)據(jù)表，點擊analyze，在Grouped analyses中選擇Two-way ANOVA，右側Analyze which data sets將數(shù)據(jù)全部勾選。
這里Matching by which factor選擇第二項。表示每一行是一個因素，重復值錄入子列。
Repeated Measures選項卡中選擇Repeated measures ANOVA。
Factor names可對行和列對應的因子名稱進行設置。
Multiple Comparisons選擇進行多重比較的方式。
Options選擇多重比較的方法。這里選擇Tukey。全都設置完后點擊ok。可以點擊導航欄Results中對應的文件查看分析結果報告。
也可以自動將顯著性標注添加到圖上，方法同簡單箱線圖，可是自動添加會把多重比較的結果全部加到圖中，不美觀。我選擇字母標注，并且將兩因素方差分析結果的p值手動添加到圖中。結果如下：
