今天的重點(diǎn)在于：
（1）設(shè)置鏡像，以便下載各種包時(shí)更加快速。設(shè)置后一勞永逸是目標(biāo)，但是失敗也是常事；
（2）數(shù)據(jù)框初級(jí)操作，篩選數(shù)據(jù)，表格合并等。

設(shè)置鏡像

高級(jí)模式

（1）首先使用R的配置文件 .Rprofile
命令為 file.edit('~/.Rprofile')

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（2）在Rscript中運(yùn)行后，會(huì)產(chǎn)生一個(gè)新的.Rprofile 界面
在這個(gè)界面中輸入鏡像命令重點(diǎn)命令
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #對(duì)應(yīng)清華源
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") #對(duì)應(yīng)中科大源

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（3）最后保存，重啟Rstudio，這時(shí)你再運(yùn)行一下如下兩行代碼，即可看到是否鏡像設(shè)置成功：
options()BioC_mirror

image.png

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如果每次新建的project中，用file.edit('~/.Rprofile')打開的Rprofile中都已經(jīng)有這些代碼，則可認(rèn)定為長(zhǎng)期設(shè)置，不必每次下載包之前再次設(shè)置。例如

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安裝R包

命令為 install.packages(“包”)
BiocManager::install(“包”)
取決于你要安裝的包存在于CRAN網(wǎng)站還是Biocductor，前者用于CRAN網(wǎng)站的包獲取，后者用于Biocductor，包在哪里，需要谷歌搜索

加載包

兩個(gè)命令均可，使用時(shí)二選一，命令中的包在實(shí)際使用時(shí)為包的名稱
library(包)
require(包)
例如，鏡像命令后輸入加載 dplyr 包

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dplyr 包中的基本函數(shù)使用范例

（1）**mutate() #新增數(shù)據(jù)框中的列，格式為mutate(矩陣名, 新增列名 = 值) **
例如 mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)，

（2）select() #按列篩選，select(矩陣名,列數(shù))或者select(矩陣名,列名稱)
例如 select(test,1)
select(test,c(1,4))
select(test,Sepal.Width)

（3）filter() #篩選行
格式為 filter(矩陣名, 列名 == "值")
filter(矩陣名, 列名 %in% c( "值1"， "值2"， "值3"))
例如 filter(test, Species == "versicolor")
filter(test, Species == "setosa"&Sepal.Length > 3 )
filter(test, Species %in% c("versicolor","virginica")) #在數(shù)據(jù)框中篩選帶有這兩個(gè)名稱的行

（4）arrange() #按某1列或某幾列對(duì)整個(gè)表格進(jìn)行排序
格式為 arrange(矩陣名, 列名)#默認(rèn)從小到大排序
arrange(矩陣名, desc(列名))#用desc從大到小

（5）summarise() #匯總
格式 summarise(矩陣名, mean(列名), sd(列名))# 計(jì)算某列的平均值和標(biāo)準(zhǔn)差
group_by(矩陣名, 列名) # 先按照矩陣名分組，計(jì)算每組矩陣名的平均值和標(biāo)準(zhǔn)差
例summarise(group_by(test, Species),mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))

dplyr兩個(gè)實(shí)用技能

1. 管道操作 %>% (cmd/ctr + shift + M)
2. count統(tǒng)計(jì)某列的unique值
   count(矩陣名,列名)

dplyr處理關(guān)系數(shù)據(jù) (數(shù)據(jù)框編輯實(shí)用命令)

1. 內(nèi)連inner_join,取交集
   inner_join(表1,表2, by = "列名")
2. 左連left_join
   left_join(表1, 表2, by = '列名')， 新的表行數(shù)=左邊的表1，新列值來自于右邊表2，只顯示存在的值，沒有的值為NA。
3. 全連full_join
   格式為 full_join( 表1, 表2, by = 'x')
   表1和表2通過x這一列連接起來
4. 半連接
   semi_join(x = 表1, y =表2, by = 'x')
   返回能夠與y表匹配的x表所有記錄semi_join
5. 反連接
   anti_join(x =表2, y =表1, by = 'x')
   返回?zé)o法與y表匹配的x表的所記錄anti_join
6. 簡(jiǎn)單合并
   相當(dāng)于base包里的cbind()函數(shù)和rbind()函數(shù)
   bind_rows()函數(shù)需要兩個(gè)表格列數(shù)相同，合并行需要有相同列數(shù)
   bind_cols()函數(shù)則需要兩個(gè)數(shù)據(jù)框有相同的行數(shù)，合并列需要有相同行數(shù)