# 導(dǎo)入Phred33格式單端測序結(jié)果
qiime tools import \
? --type 'SampleData[SequencesWithQuality]' \
? --input-path sample.txt \
? --output-path single-end-demux.qza \
? --input-format SingleEndFastqManifestPhred33V2
# 測序結(jié)果質(zhì)量可視化
qiime demux summarize \
? --i-data single-end-demux.qza \
? --o-visualization demux.qzv
在選擇trunc-len時，我們選擇最小的值194，以保留更多的序列數(shù)。
#使用dada2進(jìn)行序列去燥
qiime dada2 denoise-single \
--i-demultiplexed-seqs single-end-demux.qza \
--p-trunc-len 194 \
--o-representative-sequences rep-seqs-dada2.qza \
--o-table table.qza \
--o-denoising-stats dada2-stats.qza
#可視化去燥過程
qiime metadata tabulate \
--m-input-file dada2-stats.qza \
--o-visualization dada2-stats.qzv
可以發(fā)現(xiàn)即使我們使用了序列質(zhì)量可視化文件中占比最低的length=194作為截取參數(shù)，仍然去除了80-90%的序列數(shù)，這就比較詭異。
事實上，我共測序了10批樣品，只有這批樣品出現(xiàn)了這個問題，猜測可能是測序公司的測序質(zhì)量除了問題，或者拼接出現(xiàn)了問題。因為我是使用的公司返回的拼接好的CleanData進(jìn)行的分析。
