? ? ? ?差異peaks分析是ATAC-seq下游分析中非常重要的一步，可以鑒定出不同樣本之間開(kāi)放程度不同的DARs（Different Accessible Regions），繼而可以鑒定出DARs對(duì)應(yīng)的基因。這類(lèi)分析目前最常用的軟件是DiffBind，通過(guò)調(diào)用DESeq2與EdgeR這類(lèi)常用的差異表達(dá)基因分析包來(lái)進(jìn)行差異peaks分析。但是DiffBind自身繪圖的功能不是很靈活，同樣需要調(diào)用ggplot2來(lái)完成繪圖，軟件說(shuō)明書(shū)里對(duì)PCA、MA、Volcano等圖也沒(méi)有提出一些具體的美化方法，成品比較粗糙（圖一）。那么有什么方法得到一個(gè)美美的火山圖呢？
此處我利用DiffBind生成的差異表達(dá)peaks，將其修改成RNA-seq差異基因火山圖所需的格式，然后利用ggplot2直接繪制，就大功告成了。具體方法如下：
先把DiffBind生成的原始文件去掉染色體號(hào)和起始終止位點(diǎn)，然后使用awk添加一列編號(hào)，再添加上表頭。這里我輸出了三個(gè)值，依次是fold、p.value和FDR，其實(shí)輸出前兩個(gè)值就夠用了。準(zhǔn)備工作做好了就可以進(jìn)行繪圖了。
火山圖代碼如下：
?生成的火山圖如下：
? ? ? ? 這樣一張比較美觀的火山圖就畫(huà)好了，基礎(chǔ)代碼不變的前提下大家根據(jù)自己的文件改變里面的元素就可以了。我這種方法是將DiffBind和ggplot2結(jié)合到了一起，如果大家還有更簡(jiǎn)單的方法歡迎分享哦。
