（*圖片來自NCBI官網(wǎng)）https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
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NCBI使用指南
步驟01：下載庫文件
????使用BLAST+自帶的update_blastdb.pl腳本下載nr和nt等庫文件，直接運行下列命令即可自動下載，或者fasta手動格式化數(shù)據(jù)庫。
步驟02：格式化數(shù)據(jù)庫
? ? ? ? 示例：makeblastdb -in demo.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname
????????參數(shù)說明:
????????-in：待格式化的序列文件
????????-dbtype：數(shù)據(jù)庫類型，prot或nucl
????????-out：數(shù)據(jù)庫名
步驟03：序列比對
????????蛋白序列比對蛋白數(shù)據(jù)庫（blastp）
????????blastp -query demo.fasta -outdemo.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8
????????參數(shù)說明:
????????-query： 輸入文件路徑及文件名
????????-out：輸出文件路徑及文件名
????????-db：格式化了的數(shù)據(jù)庫路徑及數(shù)據(jù)庫名
????????-outfmt：輸出文件格式，總共有12種格式
????????-evalue：設(shè)置輸出結(jié)果的e-value值
????????-num_descriptions：tabular格式輸出結(jié)果的條數(shù)
????????-num_threads：線程數(shù)
????????核酸序列比對核酸數(shù)據(jù)庫（blastn、blastx）
????????blastn -query demo.fasta -outdemo.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8
????????blastx -query demo.fasta -outdemo.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8
????????參數(shù)說明:
????????-query： 輸入文件路徑及文件名
????????-out：輸出文件路徑及文件名
????????-db：格式化了的數(shù)據(jù)庫路徑及數(shù)據(jù)庫名
????????-outfmt：輸出文件格式，總共有12種格式
????????-evalue：設(shè)置輸出結(jié)果的e-value值
????????-num_descriptions：tabular格式輸出結(jié)果的條數(shù)
????????-num_threads：線程數(shù)
步驟04：參考資料
1.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279690/
2.http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/
愛上生物大數(shù)據(jù)??公眾號：aisbio
