表型數(shù)據(jù)的描述性統(tǒng)計(jì)，是對(duì)表型數(shù)據(jù)進(jìn)行的基礎(chǔ)分析，包括最大值、最小是、均值、方差、極差等。通過SPSS、Excel或者R都可以完成，R與其他兩種方法對(duì)比，只需要簡(jiǎn)單的命令就可以完成全部分析，這里主要介紹R包'psych'。

1.準(zhǔn)備工作：

1.1 R包安裝

> install.packages('psych')

1.2 數(shù)據(jù)格式

這里的數(shù)據(jù)格式為常用的長(zhǎng)數(shù)據(jù)，即第一行為表頭，每一列為性狀觀測(cè)值的名稱，如株高、莖粗、分枝數(shù)、千粒重等。

我這里的數(shù)據(jù)分別為：株系，時(shí)間，重復(fù)，年份，之后為每個(gè)性狀的測(cè)量值。

2.統(tǒng)計(jì)：

調(diào)用R包：

> library('psych')

讀取寬數(shù)據(jù)：

> raw_data <- read.table("phe.txt", header = T, check.names = F, sep = "\t")

我需要每個(gè)時(shí)間點(diǎn)單獨(dú)統(tǒng)計(jì)，提取時(shí)間：

> T1 <- subset(raw_data, Time == 'T1')

統(tǒng)計(jì)，這里第五列開始為我需要的表型性狀：

> T1_data_desc <- describe(T1[,5:ncol(T1)])

查看結(jié)果：

> head(T1_data_desc)
   vars   n  mean    sd median trimmed   mad min    max  range skew kurtosis   se
TL    1 728 21.24 13.59  19.30   20.00 13.43   0 100.17 100.17 1.04     1.97 0.50
PA    2 728  1.80  1.11   1.63    1.69  1.02   0   7.17   7.17 0.98     1.27 0.04
SA    3 728  5.65  3.48   5.11    5.32  3.22   0  22.52  22.52 0.98     1.27 0.13

結(jié)果中包含每個(gè)性狀在T1時(shí)間點(diǎn)的平均值，標(biāo)準(zhǔn)差，最小值，最大值，偏度，峰度等我們需要的所有描述性統(tǒng)計(jì)結(jié)果。

3.結(jié)果輸出：

將上一步的描述性統(tǒng)計(jì)結(jié)果輸出：

> write.csv(T1_data_desc, file = "T1_data_desc.csv", quote = F)

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