單細(xì)胞細(xì)胞定義合集

對于單細(xì)胞數(shù)據(jù)細(xì)胞分群的定義，一直是困惑大家的工作。對一直從事單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析的工作人員，細(xì)胞定義非常簡單；但是新手小白來說還是無從下手。（難者不會，會者不難）

細(xì)胞定義思路

• 借助細(xì)胞定義開發(fā)工具（SingleR，celaref）;
  　　工具背后的原理都是利用自己的基因集和軟件提供的背景基因集的相似性去定義細(xì)胞類型。如果背景基因集沒有某種細(xì)胞類型也是定義不到的。（有缺陷?。?/li>
• Marker基因的鑒定；
  　　前期需要做大量的工作，去閱讀相關(guān)組織類型的文獻(xiàn)，收集文獻(xiàn)中定義某種細(xì)胞類型的marker 基因（該工作不可偷懶）。借助10X提供的loupe文件，定位該類型marker基因表達(dá)的位置（細(xì)胞大類marker基因完全可以搞定）；同時結(jié)合差異基因分析結(jié)果，精確定義該群（一些細(xì)胞類群的亞群，建議參考）。
  一般在進(jìn)行定義，首先進(jìn)行細(xì)胞大類的鑒定，比如：鑒定免疫類群，基質(zhì)細(xì)胞，上皮細(xì)胞，內(nèi)皮細(xì)胞等；然后在進(jìn)行精細(xì)的細(xì)胞定義，比如：免疫分為髓系和淋系，淋系又分為T，B，NK等。
• 細(xì)胞類型糾正；
  　　通過一些圖形的輔組，例如：小提琴圖，點圖，熱圖，marker基因的tsne/umap圖等對定義的結(jié)果進(jìn)行糾正。

如圖所示：

Figure1.jpg

細(xì)胞定義基因查詢

下面提供幾個網(wǎng)站可以查詢一些組織類型的基因，根據(jù)該基因可以鑒定細(xì)胞類型。

CellMarker2.0 (slwshop.cn)
目前也不斷在更新豐富
MCA | Mouse Cell Atlas (zju.edu.cn)
小鼠的組織類型圖譜
HCL - Human Cell Landscape (cngb.org)
人的組織類型圖譜
Home - Cell Taxonomy - CNCB-NGDC
除了人鼠，還有其他的物種
人鼠細(xì)胞定義的網(wǎng)站，可以提供差異基因列表進(jìn)行細(xì)胞定義
ACT