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Phylogenetically informative mutations in genes implicated in antibiotic resistance in?Mycobacterium tuberculosis?complex
作者：Matthias Merker等
期刊：Genome Med
時間：2020.3.6
影響因子：10.675
DOI：?10.1186 / s13073-020-00726-5
主要方法：Illumina技術（MiSeq，NextSeq 500，HiSeq 2500）；耐藥基因SNP系統(tǒng)發(fā)育樹分析；MIC耐藥性檢測
研究思路：為了準確地解釋基因型藥物敏感試驗（drug susceptibility testing，DST）的全基因組測序數(shù)據(jù)，需要全面了解結核分枝桿菌復合物（Mycobacterium tuberculosis complex，MTBC）中與抗生素耐藥相關的基因的遺傳變異的關系。該作者對405 個MTBC菌株進行了21種抗結核藥物耐藥性的92個基因的SNP檢測，如下圖所示分為了7 個進化分支，確定基因型與表型之間的關系。
MTBC phylogeny. ML phylogeny based on 42,760 SNPs from 405 genomes using a general time-reversible substitution model and 1000 resamples
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