避坑 sam轉(zhuǎn)bam

sam轉(zhuǎn)bam
運(yùn)行samtools view -@ 16 -b XXX.sam >xxx.bam后報(bào)錯(cuò)
[W::sam_read1] parse error at line 1 [main_samview] truncated file

主要原因是在上一步生成sam文件時(shí)，日志信息也被寫入sam文件，導(dǎo)致無法轉(zhuǎn)換
要想避免這個(gè)問題，最好把命令寫入shell文本，然后
nohup sh XX.sh 1>xx.log 2>&1 &
將日志信息定向輸出到log文件中。

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