ImageJ測定脂肪滴大小

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一、圖像預處理:

選擇Image > Type,轉化為8-bit;


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此時圖片偏暗,對圖像做適度的調整,Adjust > Brightness/Contrast


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二、測定脂肪滴大小

思路:

1. 標尺校正:
選擇劃線工具,在圖片上畫出與標尺長度相同的線段(按住shift拉出直線),
然后選擇 Analyze > Set scale;

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Distance in pixels:線段在圖中的測定值
know distance:已知的長度
unit of length:單位設置
Global:如果選擇則可以在多張圖片之間保持一致;

添加標尺:
自動添加:Analysis > Tools > Scale Bar
width in bar:設置標尺的長度
可以填寫字的大小、寬度、顏色、位置等,
手動添加:選擇直線工具,劃線,Analysis > Tool > Scale Bar

2. 圖像閾值:
依次選擇Image > Adjust >Threshold,
在調出的窗口欄調節(jié)滑塊,使得細胞的邊界明晰以便于機器識別,最后點擊Apply;

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此時看到,許多脂肪第粘連一在一起,而機器無法識別,可以
Process > Binary > Watershed


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3. 不規(guī)則形態(tài)的測定:
依次選擇Analyze > Tools > ROI Manger
A. 對于獨立的單個脂肪滴,選擇魔棒工具選中后,單擊Add[t]選中區(qū)域;如下圖:

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B. 對于被遮蓋住的脂肪滴,可以選擇圓形工具,畫出相應大小的圓后,操作如上:

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當選中所有的圖形后,單擊ROI Manger中的Measure,彈出計算結果。

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3. 規(guī)則形態(tài)的測定:
如果圖片脂肪滴無重疊,則可以使用軟件內置參數自動計數;
圖像預處理等操作同上,然后依次單擊Analyze > Particles

Size(um^2):形狀大小范圍設定。計算前應粗略估計細胞的大小范圍,排除非細胞的形態(tài)。具體操作為選擇多邊形工具,畫出最大細胞的輪廓,然后單擊Analyze > Measure,記下彈出菜單顯示細胞的面積值,統(tǒng)計記下最小面積值;
Show: 選擇outlines可以標記出形狀輪廓;

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其他可選操作:

  1. 拍照轉化為灰度后脂肪滴中間出現空洞,可以將圖片空洞填補:操作如下:
    Process > Binary > Make Binary
    Process > Binary > Fill holes

  2. 重疊脂肪滴在計算時候,形成一個整體,造成計算錯誤。
    Process > Binary > Watershed

參考資料:
巧用Image J計算細胞大小
ImageJ圖像加標尺scalebar并用標尺校正圖片尺寸測量細胞大小
Image J入門教程,細胞面積計算

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