知識點

• 相關(guān)性分析，在表達差異分析之前，評斷樣本的重復(fù)性
• 分組：
  +轉(zhuǎn)錄組測序： mRNA，samllRNA,Non_coding RNA
• chip_seq 蛋白
• 參考基因組：文章里的出處

簡書RNA_seq 流程
http://www.itdecent.cn/p/a84cd44bac67

下載數(shù)據(jù)
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/search/all/?term=GSE63310
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?WebEnv=NCID_1_33633522_130.14.18.97_5555_1553481906_4058496066_0MetA0_S_HStore&query_key=1
prefetch下載數(shù)據(jù)加速軟件:aspera 安裝：http://www.itdecent.cn/p/112412b8883c

RNA_seq 流程介紹
http://www.itdecent.cn/p/426e2efd70fe

軟件介紹

• conda 推文

https://mp.weixin.qq.com/s/vhSpEoIkYP5Hky0lnyGVvQ

• sra-tools

http://ncbi.github.io/sra-tools/

• fastqc
• trim-galore

reference

• http://www.itdecent.cn/p/7a3de6b8e503
• https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore/blob/master/Docs/Trim_Galore_User_Guide.md

• star
• hisat2

bwa、hisat等五款軟件建立索引 http://www.itdecent.cn/p/071c1757ded1
有效比對RNA測序數(shù)據(jù)

id="SRR1039510"
hisat2 -p 2 -x /teach/database/index/hisat/hg38/genome \
-1 /trainee/vip23/analysis/raw_data/${id}_1.fastq.gz \
-2 /trainee/vip23/analysis/raw_data/${id}_2.fastq.gz \
| samtools sort -@ 2 -o ${id}.sort.bam -  # 接收前面管道的緩存

• bowtie2
• subread
  count 經(jīng)常用來進行差異表達分析
• htseq
• cutadapt
• multiqc
• samtools

下載數(shù)據(jù)

• fa 要和 注釋文件在同一網(wǎng)址，同一目錄

問題：

測序時是互補的兩條都測 ？
pE測序
reads在染色體上的密度分布
chip_seq reads分布在基因上游？
rMATS RNA_seq 可變剪輯分析軟件
B站上的數(shù)據(jù)挖掘

R 安裝包的問題

查找包在哪個鏡像上：包 名字 在google上搜索

后續(xù)學(xué)習(xí)

一周之內(nèi)復(fù)習(xí)，把代碼再捋一遍

摸索自學(xué)