之前寫過一篇文章Fastq-dump: 一個神奇的軟件， 詳細介紹了fastq-dump的用法。
雖然fastq-dump參數(shù)很多，而且一直被吐槽參數(shù)說明寫的太差，但是如果真的要用起來其實也就是一行代碼
fastq-dump --gzip --split-3 --defline-qual '+' --defline-seq '@$ac-$si/$ri' SRRXXXXX| SRRXXXX.sra
# 加上--gzip后需要時間進行文件壓縮
當然除了參數(shù)問題，還有一個讓人詬病的地方就是他只能單個線程，所以速度特別的慢。盡管相對于下游分析要分析好幾天而言，這點時間還能能等的。但是能快一點總是好的，所以在2018年的6月份，sra-tools更新了一個新的sra解壓工具，fasterq-dump, a faster fastq-dump，它能利用臨時文件和多線程加速從SRA文件提取FASTQ。
fasterq-dump的用法和fastq-dump一樣，如下所示
fasterq-dump --split-3 SRR5318040.sra
如上代碼運行時如果出現(xiàn)報錯 err: invalid accession 'SRR5318040.sra '，請改用如下代碼
fasterq-dump --split-3 ./SRR5318040
注意，這個 ./ 非常重要，這意味著我們使用的是下載到本地的sra數(shù)據(jù)。
此外還有建立了GitHub Wiki提供使用教程，參見https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/HowTo:-fasterq-dump。
重點參數(shù)是-e|threads, 用于選擇使用多少線程進行運行，默認是6個線程。 同時考慮到有些人容易著急，還提供了-p選項用于顯示當前進度。
我用一個9G大小的SRA文件，分別以fastq-dump和fasterq-dump進行了測試。
time fastq-dump --split-3 -O test SRR5318040.sra
# 558.76s user 41.36s system 101% cpu 9:51.82 total
time fasterq-dump --split-3 SRR5318040.sra -e 20 -o SRR5318040
# 582.70s user 121.06s system 1130% cpu 1:02.25 total
同樣的如果上面的fastqer-dump運行報錯，請把 SRR5318040.sra 改成 ./SRR5318040.
從用戶模式(user mode)來看, 兩者的總CPU使用時間都差不多是560秒，從內(nèi)核模式來看(Kernel Mode)來看，fasterq-dump花了更多時間在調(diào)用底層硬件上，例如分配內(nèi)存地址。fastq-dump基本上穩(wěn)定在一個線程，而fasterq-dump盡管指定了20個線程，但平均只用了11.5個線程吧。
對于我們而言，我們只要看最后的total部分，也就是實際花了多少時間。fastq-dump花了快10分鐘，而fasterq-dump只需要1分鐘，快了9倍多。
最后還有一點不足之處：輸出的fastq的ID目前暫時沒有選項可以調(diào)整，需要自己寫個腳本解決。
