1.安裝java環(huán)境
在安裝之前需要卸載linux自帶的java環(huán)境。
1.java -version 查看系統(tǒng)是否有java環(huán)境
2.rpm -qa | grep jdk 找到具體的jdk
3.分別刪除
rpm -e –nodeps java-1.8.0-openjdk-devel-1.8.0.181-7.b13.el7.x86_64
rpm -e –nodeps java-11-openjdk-headless-11.0.ea.28-7.el7.x86_64
rpm -e –nodeps java-1.8.0-openjdk-1.8.0.181-7.b13.el7.x86_64
rpm -e –nodeps java-1.8.0-openjdk-headless-1.8.0.181-7.b13.el7.x86_64
rpm -e –nodeps copy-jdk-configs-3.3-10.el7_5.noarch
4.java -version 驗(yàn)證是否刪除成功
這樣便是刪除成功了。
參考：https://blog.csdn.net/weixin_43520670/article/details/106344655
然后下載java，進(jìn)入java官網(wǎng)
https://www.oracle.com/java/technologies/downloads
將首頁往下翻，可以看到有兩個(gè)下載的界面：
下載圖示中的版本，可以選擇下載最新版，也可以選擇下載第二張圖片中的版本，這個(gè)版本也有很多人用。
根據(jù)喜好選取，并復(fù)制鏈接。
在linux中就可以進(jìn)行下載安裝了。
可以使用如下命令：
wget https://download.oracle.com/java/19/latest/jdk-19_linux-x64_bin.tar.gz
##注意這里需要root權(quán)限
sudo mkdir /usr/java
sudo tar -zvxf ~/jdk-8u172-linux-x64.tar.gz -C /usr/java/
cd /usr/java
sudo ln -s jdk1.8.0_172 latest##此處查看java路徑下的jdk完整版本號，復(fù)制并替換此命令中的jdk1.8.0_172
sudo ln -s /usr/java/latest default
sudo vi /etc/profile
#末尾加上如下幾行
export JAVA_HOME=/usr/java/latest
export PATH=$JAVA_HOME/bin:$JAVA_HOME/jre/bin:$PATH
export CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/lib/dt.jar:JAVA_HOME/lib/tools.jar
cd
source /etc/profile
java -version
2.安裝fastqc
fastqc是一個(gè)數(shù)據(jù)質(zhì)量評價(jià)軟件。
下載過程如下：
mkdir Biosofts
wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.7.zip
mkdir ~/Biosofts/fastqc
unzip ~/fastqc_v0.11.7.zip -d ~/Biosofts/
chmod +x ~/Biosofts/FastQC/fastqc
~/Biosofts/FastQC/fastqc -h
echo 'export PATH=~/Biosofts/FastQC:$PATH'>>~/.bashrc
source ~/.bashrc
fastqc -h
出現(xiàn)這個(gè)界面則是安裝成功：
3.安裝conda
Conda分為anaconda和miniconda。anaconda是包含一些常用包的版本，miniconda則是精簡版。
這里我選擇anaconda進(jìn)行安裝。
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh
sh [路徑]/Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh
[如果在安裝的時(shí)候已經(jīng)選擇加入的話，就不需要加入環(huán)境變量，直接source]
bash Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh 按照提示進(jìn)行執(zhí)行
echo 'export PATH=~/anaconda3/bin:$PATH' >>~/.bashrc
source ~/.bashrc
conda --version
4.安裝python2環(huán)境
#查看當(dāng)前python版本號
python --version
# 創(chuàng)建一個(gè)名為python27的環(huán)境，指定Python版本是2.7（不用管是2.7.x，conda會為我們自動尋找2.7.x中的最新版本）
conda create --name python27 python=2.7 -y
#列舉當(dāng)前所有環(huán)境
conda info -e
5.安裝multiqc
#激活python27環(huán)境
conda activate python27
#安裝multiqc
conda install multiqc -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
通過以下命令可以測試multiqc是否安裝成功：
multiqc --version
或者
multiqc -h
我出現(xiàn)了如下錯(cuò)誤
錯(cuò)誤1：
錯(cuò)誤原因：pyyaml 5.1版本后棄用了yaml.load(file)這個(gè)用法，5.1版本之后就修改了需要指定Loader，通過默認(rèn)加載器（FullLoader）禁止執(zhí)行任意函數(shù)。
解決方法：降低pyyaml版本。
（1）先卸載已裝版本
pip uninstall pyyaml
（2）安裝低版本
pip install -U pyyaml==4.2b2 -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
重新運(yùn)行multiqc --version，還有一個(gè)錯(cuò)誤。
（參考:https://blog.csdn.net/weixin_45144679/article/details/123535701）
錯(cuò)誤2：
解決方法，輸入命令：
conda install libgfortran==1
（參考：https://blog.csdn.net/ACGTexplorer/article/details/112689613）
再用 multiqc --version查看，成功了！
6.使用multiQC對多個(gè)fastq質(zhì)量做出評價(jià)
請看我的簡書下一篇：
http://www.itdecent.cn/p/a40a4b540f5e
