（本文因MultiQC安裝時出現(xiàn)的很多問題尚未解決，僅供參考，后期如果解決還會更新）
MultiQC簡介：
fastqc是一款基于java的軟件，能夠?qū)y序數(shù)據(jù)的質(zhì)量進(jìn)行評估。一個樣本生成一個報告，當(dāng)樣本量過多時，逐一查看樣本質(zhì)量就稍顯不方便，multiqc是一個基于Python的模塊, 用于整合其它軟件的報告的軟件，能將fastqc生成的多個報告整合成一個報告的軟件，這樣能方便的查看所有測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量。
MultiQC的安裝
因之前已經(jīng)安裝過conda，所以使用conda安裝
conda install -c bioconda multiqc
出現(xiàn)了錯誤
再嘗試一下更新conda后，再次安裝
conda update -n base conda
conda update --all
conda install -c bioconda multiqc
還是失敗了。。。
查了很多資料，沒能解決，只能換一種安裝方式
pip安裝，首先要安裝pip
pip install --upgrade pip
pip install multiqc
 pip安裝成功了，但multiqc安裝又出現(xiàn)了問題。。。 ![WG%GXXID]1DCQUG323UO0B.png](https://upload-images.jianshu.io/upload_images/19791135-bfbbba1d179b9e3a.png?imageMogr2/auto-orient/strip%7CimageView2/2/w/1240)
我在網(wǎng)上查了一下好像是權(quán)限的問題，于是我進(jìn)入root用戶，重新安裝pip，再安裝multiqc試一下。
su root
apt install python-pip
pip install multiqc
發(fā)現(xiàn)還是同樣的問題。。。
我還嘗試了https://blog.csdn.net/qq_41204464/article/details/89433747
這篇文章中說的，更改權(quán)限
cd /usr/lib/python2.7/dist-packages/pip
vi __main__.py
#將最后一行的sys.exit(pip._main())改成sys.exit(pip.__main__._main())
再次嘗試還是出錯了。。
重啟后，再次嘗試一下，結(jié)果出現(xiàn)了不一樣的錯誤
實(shí)在沒有辦法了
在MultiQC官網(wǎng)上找到了另外的一個方法
git clone https://github.com/ewels/MultiQC.git
python setup.py install
multiqc .
還是出錯了。。。
運(yùn)行MultiQC
先cd到含有目標(biāo)文件的位置，然后運(yùn)行
multiqc
fastqc test_7942raw_1.fq.gz test_7942raw_2.fq.gz
multiqc test_7942raw_1_fastqc.zip test_7942raw_2_fastqc.zip
最后將得到的multiqc_report.html 下載到本地，用瀏覽器查看
參考資料：
http://www.itdecent.cn/p/85da4dcc6020
http://www.itdecent.cn/p/f83626fd1fa1
