上期給大家介紹了NCBI、Ensembl 這2個主流的查找基因組的數(shù)據(jù)庫，其中收錄的物種廣泛（植物、動物、微生物），是我們查找物種基因組最常用數(shù)據(jù)庫。對于一些常年深耕某一種/一類物種的研究者，常常會搭建該類物種專屬數(shù)據(jù)庫：如水稻數(shù)據(jù)庫、棉花數(shù)據(jù)庫、柑橘數(shù)據(jù)庫等等。
本期小易課堂給大家介紹10種重要的作物基因組數(shù)據(jù)庫，供大家研究使用。
01??水稻基因組數(shù)據(jù)庫-RAP
水稻注釋計劃 (RAP) 始于2004年，當時國際水稻基因組測序項目完成了日本晴品種的基因組測序，旨在為科學(xué)界提供精確注釋的水稻基因組序列。你可以通過這個數(shù)據(jù)庫工具欄的“DOWNLOAD”基因組下載頁面?？梢酝ㄟ^下拉框選擇不同版本的基因組進行基因組及gff的下載。
網(wǎng)站鏈接：https://rapdb.dna.affrc.go.jp/
02??小麥基因組數(shù)據(jù)庫（IWGSC）
國際小麥基因組測序協(xié)會（International Wheat Genome Sequencing Consortium，IWGSC）是一個由小麥種植者和植物科學(xué)家組成的國際合作組織，成立于2005年。
數(shù)據(jù)庫鏈接：https://www.wheatgenome.org/
03??棉花基因組數(shù)據(jù)庫
棉花功能基因組數(shù)據(jù)庫（CottonFGD）集成了現(xiàn)代基因組/轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)和搜索/分析/可視化模塊除了提供基因組資源之外，它還為棉花研究人員和其它功能基因組研究提供一個簡單、快速、可視化的數(shù)據(jù)分析平臺。
數(shù)據(jù)庫鏈接：https://cottonfgd.net/
04??大豆基因組和遺傳數(shù)據(jù)庫
SoyBase數(shù)據(jù)庫于1990年建立，最初只包含大豆相關(guān)的遺傳信息，如遺傳圖譜和大豆孟德爾遺傳學(xué)信息。隨著大豆基因組序列的發(fā)布，基因、序列、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)、甲基化數(shù)據(jù)等也逐漸集成到SoyBase中。
數(shù)據(jù)庫鏈接：https://www.soybase.org/
05??油菜多組學(xué)數(shù)據(jù)庫
該數(shù)據(jù)庫以前期發(fā)布的BnPIR、BnTIR以及BnVIR數(shù)據(jù)庫的為基礎(chǔ)，進一步搜集了近年來新發(fā)布的多組學(xué)數(shù)據(jù)集，并進行了統(tǒng)一過濾、處理和分析，最終構(gòu)建出目前最為系統(tǒng)和全面的油菜多組學(xué)數(shù)據(jù)庫-BnIR。該數(shù)據(jù)庫收錄了30個甘藍型油菜基因組信息。
數(shù)據(jù)庫鏈接：https://yanglab.hzau.edu.cn/BnIR
06??茄科作物基因組數(shù)據(jù)庫
Sol Genomics Network (SGN)收集了茄科植物（包括番茄、馬鈴薯、辣椒、矮牽牛和茄子等）基因組信息的數(shù)據(jù)庫。
數(shù)據(jù)庫鏈接：https://solgenomics.net/
07??葡萄屬植物基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫
VitisGDB（Vitis genome and genetic database）是我國葡萄遺傳資源的首個原創(chuàng)性數(shù)據(jù)庫，收錄了葡萄屬7個物種共22個基因組組裝數(shù)據(jù)。通過整合多種可視化組件與基因組在線比較工具，為用戶提供方便的數(shù)據(jù)檢索、下載和在線分析服務(wù)。
數(shù)據(jù)庫鏈接：http://vitisgdb.ynau.edu.cn/
08??柑橘類基因組數(shù)據(jù)庫
此數(shù)據(jù)庫收錄了大量的柑橘品種的基因組信息，并一直在更新。
數(shù)據(jù)庫鏈接：https://www.citrusgenomedb.org/
09??谷子功能基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫
SIFGD（Setaria italica Functional Genomics Database）是中國農(nóng)業(yè)大學(xué)整合谷子數(shù)據(jù)和分析結(jié)果構(gòu)建的功能基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫，同時，數(shù)據(jù)庫還提供了一些基因功能分析工具，比如基因家族識別、BLAST搜索、GSEA、motif分析等。
數(shù)據(jù)庫鏈接：http://structuralbiology.cau.edu.cn/SIFGD/index.html
10??十字花科植物基因組資源綜合數(shù)據(jù)庫
Brassicaceae Database (BRAD)是由中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院蔬菜花卉研究所開發(fā)的十字花科植物基因組資源綜合數(shù)據(jù)庫，除了提供傳統(tǒng)的數(shù)據(jù)庫服務(wù)（如基因功能注釋、基因序列、在線BLAST和基因組瀏覽器等），BRAD還具有微共線性分析、系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建、變異圖譜和引物設(shè)計等特色功能。
數(shù)據(jù)庫鏈接：http://brassicadb.cn
